Identifikasi Molekuler Jamur Penyebab Karat Daun (Puccinia sp.) pada Tanaman Tebu

Abstract

Jamur karat daun tebu (Puccinia sp.) menjadi tantangan dalam budidaya tebu karena dapat menyebabkan kerugian ekonomi yang cukup besar, yakni $150- 210 juta dolar Australia. Perkembangan infeksi jamur karat daun tebu dipengaruhi oleh suhu tinggi dan curah hujan lebat sehingga mengakibatkan surplus air tanah. Dengan demikian, kondisi agroklimat tanaman menjadi sangat lembab, sehingga jamur karat daun dapat tumbuh lebih cepat. Terdapat kemungkinan bahwa spesies jamur karat daun tebu berbeda pada tiap wilayah karena persebarannya dipengaruhi oleh varietas, iklim, dan kondisi lingkungan regional tebu. Selain itu, famili Pucciniaceae juga sering kali mengalami kesalahan identifikasi pada penelitian dahulu karena terdapat beberapa jamur yang sulit dibedakan secara morfologis dan hanya bisa diketahui dengan identifikasi molekuler. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh data identifikasi jamur karat daun tebu secara morfologi dan molekuler hingga tingkat spesies serta untuk mengetahui spesifisitas primer yang telah didesain untuk Puccinia kuehnii dan Puccinia melanocephala. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler dan Bioteknologi, UPA Pengelolaan Limbah dan Laboratorium Terpadu, Universitas Jember mulai bulan April 2024 sampai Oktober 2024. Morfologi Puccinia sp. dianalisis menggunakan Mikroskop SEM (Scanning Electron Microscopy), sedangkan secara molekuler Puccinia sp. dianalisis dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan primer spesifik yang telah didesain menggunakan sekuen Puccinia sp. dari wilayah Internal Transcribed Spacer (ITS 1 dan ITS 2) yang terdapat di database National Center for Biotechnology Information (NCBI). Parameter yang diamati berupa bentuk, dan ukuran spora jamur karat daun serta ada tidaknya pita DNA hasil elektroforesis yang divisualivisasi dengan alat Gel Documentation. Dari analisis morfologi terlihat bahwa sampel dari kedua lokasi, yakni Kab. Bondowoso dan Kab. Blitar memiliki bentuk spora ellipsoidal dan obovoid. Ukuran spora dari kedua lokasi tersebut berukuran 28-46 μm × 16-30 μm untuk Kab. Bondowoso, dan 31-52 μm × 15-26 μm untuk Kab. Blitar. Secara molekuler berdasarkan hasil elektroforesis menggunakan primer PK untuk P. kuehnii dan PM untuk P. melanocephala ditemukan adanya pita DNA.