DESAIN PRIMER SPESIFIK UNTUK MENGAMPLIFIKASI SEKUENSI GEN cfl (coronafacate ligase) PADA PATOGEN HAWAR BAKTERI YANG MENGINFEKSI KEDELAI

Abstract

Penyakit hawar bakteri (bacterial blight) merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman kedelai dan dapat menyebabkan kerugian mencapai 1120%.

Identifikasi penyebab penyakit perlu dilakukan secara dini agar pengendalian penyakit lebih mengena sasaran. Identifikasi penyebab penyakit hawar bakteri dilakukan yaitu dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Pada PCR, kespesifikan primer merupakan salah satu kunci keberhasilan PCR. Patogen penyebab penyakit hawar bakteri diketahui memiliki gen spesifik yaitu gen coronafacate ligase (cfl) yang membedakannya dari spesies lain. Kekhususan gen pada bakteri target yang di identifikasi dapat dijadikan dasar sebagai pembeda antar spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer yang spesifik terhadap gen cfl dan mengamplifikasi sekuensi gen cfl dengan PCR menggunakan primer spesifik yang di desain. Tahap pertama dalam desain primer dilakukan eksplorasi sekuensi gen cfl dari gen Bank NCBI dan diperoleh lima jenis bakteri dari patovar P. syringae dan dua jenis bakteri lain yang memiliki gen cfl. Perbedaan urutan sekuensi nukleotida dari masing-masing jenis bakteri selanjutnya di uji multiple alignment dengan software ClustalX, dan diperoleh lima patovar P. syringae yang memiliki area homologi yang tinggi. Dari lima kandidat patovar P. syringae yang diketahui area homologi tertinggi, selanjutnya dipilih satu sekuensi spesifik P. syringae pv. glycinea. Urutan nukleotida gen cfl dari P. syringae pv. glycinea didesain primernya dengan tool bioinformatika Primer3 dan diperoleh lima kandidat primer. Lima kandidat primer tersebut di uji kembali dengan software AmplifX dan dipilih satu pasang primer yang sesuai dengan kriteria primer spesifik. Primer yang digunakan dalam amplifikasi sekuensi gen cfl yaitu primer PSG_cfl2-F dengan sekuensi 5' TTCCTACGGTACGACGGAGTCT 3' dan PSG_cfl2-R dengan sekuensi 3' CCCACTGGTAGTACGCAACAGA 5'. Hasil amplifikasi

sekuensi gen cfl terhadap P. syringae pv. glycinea dengan menggunakan primer PSG_cfl2 adalah negatif, hal ini ditunjukkan dengan ketidakmunculan pita DNA pada gel elektroforesis. Ketidakmunculan pita DNA hasil amplifikasi gen cfl kemungkinan disebabkan karena bakteri target tidak memiliki gen cfl. Hal ini sesuai dengan temuan yang menyatakan bahwa tidak semua P. syringae pv. glycinea memiliki gen cfl. Untuk membuktikan ketiadaan gen cfl pada P. syringae pv. glycinea maka dilakukan uji pendekatan induksi hipertropi pada jaringan kentang. Pengujian tersebut juga memberikan hasil negatif yang ditandai dengan tidak terbentuknya hipertropi pada jaringan kentang yang ditetesi dengan suspensi P. syringae pv. glycinea. Berdasarkan pada nekrosis yang lemah pada uji virulensi dan patogenesitas, tidak terbentuknya hipertropi pada jaringan kentang dan tiadanya pita gen cfl pada elektroforesis produk PCR disimpulkan bahwa P. syringae pv. glycinea tidak memiliki gen cfl.