IDENTIFIKASI GEN PENGKODE PROTEIN ANTIOKSIDAN PADA DAUN TANAMAN MELINJO (Gnetum gnemon)
Abstract
Isolasi dan karakterisasi protein antioksidan pada biji melinjo (Gnetum
gnemon) menunjukkan adanya dua fraksi protein antioksidan dengan berat
molekul untuk fraksi protein utamanya sebesar 30 kilo Dalton dan fraksi protein
keduanya memiliki berat molekul sebesar 12 kilo Dalton. Protein antioksidan
berperan sebagai penangkal radikal bebas, pencegah terjadinya stres oksidatif,
menghambat spesies oksigen reaktif (ROS) yang dapat mempengaruhi sistem
metabolisme serta dapat meyebabkan kerusakan struktur dan fungsi sel. Penelitian
ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen pengkode protein antioksidan pada daun
melinjo.
Metode PCR (Polymerase chain Reaction) digunakan untuk mengisolasi
fragmen cDNA Gg-AOP pada daun melinjo. Primer di desain berdasarkan urutan
asam amino dari fraksi protein biji melinjo terisolasi. Desain primer yang
digunakan adalah primer spesifik pada posisi start codon Gg-AMP2F R : 5’CTTAGTTTAGGTGCTCATCAGGATG-3’
dan Oligo dT anchor Primer. Hasil
PCR di kloning ke dalam plasmid pGEM-T Easy vector dan ditransformasi ke
dalam bakteri E.coli strain DH5α dan ditumbuhkan pada media LB padat. Koloni
bakteri berwarna putih ditumbuhkan pada media LB cair selama semalam dan
dilakukan isolasi plasmid. Plasmid DNA target yang diperoleh kemudian dipotong
menggunakan enzim retriksi EcoRI dan disekuensi untuk mengetahui urutan
nukleotida dari fragmen cDNA Gg-AOP yang diperoleh.
Hasil isolasi PCR menghasilkan 2 fragmen cDNA Gg-AOP yaitu fragmen
cDNA Gg-AOP I sebesar 300 bp dan fragmen cDNA Gg-AOP II sebesar 170 bp.
Homologi cDNA Gg-AOP I dengan sekuen nukleotida gen pengkode protein
antioksidan terisolasi pada biji melinjo menunjukkan nilai homologi sebesar
47,0%. Homologi fragmen cDNA Gg-AOP II dengan sekuen nukleotida fragmen
cDNA Gg-AOP pada biji melinjo menunjukkan nilai homologi sebesar 40,4%.
Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk mendapatkan full length fragmen
cDNA Gg-AOP.
Collections
- UT-Faculty of Agriculture [4325]