ISOLASI GEN PENGKODE PROTEIN ANTIOKSIDAN PADA BIJI TANAMAN MELINJO (Gnetum gnemon)

Abstract

Isolasi dan karakterisasi protein antioksidan pada biji melinjo Gnetum gnemon menunjukkan adanya dua fraksi protein antioksidan dengan berat molekul untuk fraksi protein utamanya sebesar 30 kilo Dalton dan fraksi protein keduanya memiliki berat molekul sebesar 12 kilo Dalton. Protein antioksidan berperan sebagai penangkal radikal bebas, pencegah terjadinya stres oksidatif, menghambat spesies oksigen reaktif (ROS) yang dapat mempengaruhi sistem metabolisme serta dapat meyebabkan kerukasan struktur dan fungsi sel. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi gen pengkode protein antioksidan pada biji melinjo. Metode RLM-RACE (RNA Ligase Mediated Rapid Amplification Of cDNA Ends) digunakan untuk mengisolasi fragmen cDNA Gg-AOP ujung 5’ dan ujung 3’. Primer di desain berdasarkan urutan asam amino dari fraksi protein terisolasi. Pada ujung 5’ desain primer yang digunakan adalah primer spesifik (AP1)R 5’-TGN CCR TAY TGN ACY TTY TGY TTN AC-3’, (AP2)R 5’ ATN GCN CAN GTN GCY TTN CCR TTN CC-3’, sedangkan pada ujung 3’ adalah (SP1)R 5’- GGN AAY GGN AAR GCN ACN GTN GCN AT-3’, (SP2)R 5’- GTN AAR CAR AAR GTN CAR TAY GGN CA-3’. Hasil PCR di kloning ke dalam plasmid pGEM-T Easy vector dan ditransformasi ke dalam bakteri E.coli strain DH5α dan ditumbuhkan pada media LB padat. Koloni bakteri berwarna putih ditumbuhkan pada media LB cair selama semalam dan dilakukan isolasi plasmid. Plasmid DNA target yang diperoleh kemudian dipotong menggunakan enzim retriksi EcoRI dan disekuensi untuk mengetahui urutan nukleotida dari fragmen cDNA Gg-AOP yang diperoleh. Hasil isolasi RACE ujung 3’ menghasilkan fragmen cDNA Gg-AOP sebesar 300 bp. Isolasi RACE ujung 5’ menghasilkan fragmen cDNA Gg-AOP berukuran 178 bp. Homologi cDNA Gg-AOP ujung 5’ dengan sekuen nukleotida protein antioksidan terisolasi menunjukkan nilai homologi sebesar 34,2%. Homologi cDNA Gg-AOP ujung 3’ dengan sekuen nukleotida protein antioksidan terisolasi menunjukkan nilai homologi sebesar 31,4%. Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk mendapatkan full length fragmen cDNA Gg-AOP.