Seleksi Primer Untuk Analisis Keseragaman Genetik Kakao (Theobroma cacao L.) Melalui Penanda Molekuler RAPD

Abstract

Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia (Puslitkoka) merupakan salah satu lembaga penelitian Indonesia yang mendapatkan mandat dalam pengembangan komoditas kopi dan kakao di Indonesia. Salah satu kegiatan penelitian di Puslitkoka adalah memprodukdi bibit kakao melalui kultur jaringan dalam memperoleh bibit-bibit dengan sifat unggul. Tanaman kakao dilakukan perbanyakan melalui metode embriogenesis somatik yaitu pembentukan embrio tanpa adanya fusi gamet. Ketidakmurnian genetik atau salah pelabelan menjadi tantangan bagi pemulia tanaman. Klon unggul kakao harus dijaga kemurnian genetiknya agar homogenesitas genetik terjaga. Identifikasi keseragaman antara tanaman kakao induk dan anakan yaitu hasil embriogenesis somatik perlu dilakukan. Penggunaan marka molekuler dapat menganalisis variasi genetik, salah satu marka molekuler yang umum digunakan adalah Random Amplification Polymorphic DNA (RAPD). Marka molekuler RAPD merupakan primer dengan panjang sekuen berkisar 10 sampai dengan 20 basa nukleotida dengan sekuen DNA yang diamplifikasi secara acak. Keunggulan RAPD yaitu relatif murah, sampel DNA yang dibutuhkan sedikit (0,5-5 ng), teknik yang digunakan cepat, menghasilkan banyak pita dan menyediakan karakteristik fingerprints tanpa informasi genetik. RAPD dapat digunakan untuk analisis mengetahui keragaman genetik, hubungan kekerabatan dan mendeteksi pohon induk. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan analisis keseragaman genetik antara pohon induk dengan bibit kakao hasil embriogenesis somatik dengan menggunakan dua primer yaitu GY169 dan GY107. Identifikasi molekuler dilakukan dengan beberapa tahapan yaitu isolasi DNA genom menggunakan Kit, kuantifikasi DNA genom menggunakan spektrofotometer, amplifikasi DNA menggunakan dua primer RAPD dan analisis skoring data untuk menunjukkan persentase polimorfisme pita DNA yang terbentuk. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sampel tanaman kakao baik induk dan anakan dari 3 macam klon yaitu ICCRI 07, ICCRI 03 dan Sulawesi 03 memiliki keseragaman genetik yang sama dengan melihat pola band yang terbentuk. Primer GY169 klon ICCRI 07 induk dan anakan ditemukan monomorfisme di ukuran 370 bp, 700 bp, 1040 bp dan 1200 bp, klon ICCRI 03 induk dan anakan ditemukan monomorfisme di ukuran 1017 bp, sedangkan klon Sulawesi 03 induk dan anakan ditemukan monomorfisme di ukuran 370 bp. Primer GY107 klon ICCRI 07 induk dan anakan ditemukan monomorfis di ukuran 345 bp, 794 bp, 1087 bp dan 1235 bp, klon ICCRI 03 induk dan anakan ditemukan monomorfisme di ukuran 365 bp, 794 bp dan 915 bp, sedangkan klon Sulawesi 03 induk dan anakan ditemukan monomorfisme di ukuran 345 bp, 794 bp, 1119 bp dan 1330 bp. Hal ini menunjukkan bahwa hasil penelitian sesuai hipotesis yaitu T. cacao pohon induk dan anakan hasil embriogenesis somatik memilki keseragaman genetik yang sama menggunakan dua primer RAPD. Persentase pita polimorfisme yang didapatkan >65% dari semua klon dengan rataan 89,16%. Primer GY169 dan GY107 yang memiliki panjang sekuen secara berurutan yaitu 21 dan 18 basa nukleotida dapat menghasilkan band jelas, terang dan polymorphisme pada semua sampel genom kakao.