• Login
    View Item 
    •   Home
    • UNDERGRADUATE THESES (Koleksi Skripsi Sarjana)
    • UT-Faculty of Mathematics and Natural Sciences
    • View Item
    •   Home
    • UNDERGRADUATE THESES (Koleksi Skripsi Sarjana)
    • UT-Faculty of Mathematics and Natural Sciences
    • View Item
    JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

    Virtual Screening Calon Inhibitor Topoisomerase-1 Menggunakan Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR)

    Thumbnail
    View/Open
    Penelitian Tugas Akhir (863.5Kb)
    Rozin Rozaina Skripsi.pdf (863.5Kb)
    Date
    2024-08-12
    Author
    ROZAINA, Rozin
    Metadata
    Show full item record
    Abstract
    Topoisomerase-1 merupakan protein target yang tergolong dalam kelompok regulator apoptosis sel. Protein Topoisomerase-1 dapat menghambat proses apoptosis pada sel yang rusak dan membuat sel yang telah rusak tetap mengalami regulasi sel dan mengakibatkan terbentuknya sel kanker. Inhibitor sebagai penghambat dibutuhkan untuk menghambat protein Topoisomerase-1 agar proses apoptosis tetap berlangsung. Prediksi inhibitor untuk mengahambat Topoisomerase-1 dapat dilakukan dengan menggunakan pemodelan QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) berbasis virtual screening. Virtual screening diawali dengan pemodelan QSAR, dimana komputer dapat mempelajari pola data yang ada untuk menghasilkan model terbaik. Model dibuat dengan menggunakan dataset dari dataset yang diperlukan sebanyak 429 senyawa yang diambil dari database ChEMBL dengan kode ChEMBL1781 dan UniPort ID11387. Kemudian didapatkan data training sebanyak 300 senyawa dan data testing sebanyak 129 senyawa. Model terbaik yang didapatkan yaitu model yang memiliki Hidden Layer (L1, L2, dan L3), dan batch size secara berurutan yaitu 8; 16; 32; dan 8; 1024; 2048 dengan nb_epoch 50 sehingga diperoleh model terbaik dengan nilai R2 sebesar 0,66. Model terbaik tersebut kemudian digunakan untuk proses virtual screening pada database ZINC20 (https://zinc20.docking.org/) dengan jumlah senyawa sebanyak 481 juta senyawa. Hasil virtual screening dipilih senyawa dengan nilai pIC50-nya diatas 5.8 berdasarkan rata-rata obat yang beredar yaitu Topotecan diperoleh sebanyak 335 senyawa. Kemudian dikelompokkan (clustering) menggunakan metode clustering-Butina yaitu mengelompokkan senyawa berdasarkan kemiripannya yaitu berdasarkan kemiripan struktur. Jumlah cluster yang dihasilkan dari proses clustering yaitu 50 cluster. Cluster tersebut diwakili oleh senyawa dengan nilai pIC50 terbesar dari masing– masing cluster. Hasil dari proses clustering kemudian dilakukan proses perhitungan nilai similarity. Perhitungan nilai similarity yang dilakukan pada antar cluster dan senyawa yang berada dalam satu cluster. Senyawa tersebut kemudian dilakukan uji in-vitro sebagai calonobat baru penyakit kanker lambung menggunakan uji ADMET pKCSM (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion - Toxicity Predictive Model) bertujuan untuk mengevaluasi bagaimana suatu senyawa atau obat diabsorpsi, didistribusikan, dimetabolisme, diekskresikan, serta untuk memprediksi potensi toksisitasnya. Ini penting dalam pengembangan obat untuk memahami bagaimana obat akan berperilaku di dalam tubuh manusia, sehingga dapat menentukan dosis yang efektif dan aman, serta memperkirakan risiko efek samping yang mungkin terjadi. Hasil uji ADMET menggunakan ADMET-pKCSM menghasilkan 10 senyawa yang lolos uji. Berdasarkan keseluruhan proses screening didapatkan 10 calon inhibitor protein Topoisomerase-1 yang dapat direkomendasikan dan dilakukan penelitian lebih lanjut.
    URI
    https://repository.unej.ac.id/xmlui/handle/123456789/124157
    Collections
    • UT-Faculty of Mathematics and Natural Sciences [3447]

    UPA-TIK Copyright © 2024  Library University of Jember
    Contact Us | Send Feedback

    Indonesia DSpace Group :

    University of Jember Repository
    IPB University Scientific Repository
    UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
     

     

    Browse

    All of RepositoryCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

    My Account

    LoginRegister

    Context

    Edit this item

    UPA-TIK Copyright © 2024  Library University of Jember
    Contact Us | Send Feedback

    Indonesia DSpace Group :

    University of Jember Repository
    IPB University Scientific Repository
    UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository