Identifikasi Molekuler Isolat Fungi Selulolitik Limbah Sayur Berdasarkan Daerah Internal Transcribed Spacer (ITS)

Abstract

Fungi merupakan organisme eukariotik heterotropik yang membentuk hifa dan memiliki peran penting dalam keseimbangan ekosistem. Fungi memiliki kemampuan dalam mengurai berbagai zat-zat organik, salah satunya adalah selulosa. Fungi selulolitik mampu mengatalisis secara enzimatis reaksi hidrolisis selulosa yang berasal dari tumbuhan atau limbah yang mengandung bahan organik menjadi glukosa, sebiosa dan polisakarida yang lebih sederhana. Fungi yang telah teridentifikasi memiliki aktivitas selulolitik tinggi antara lain Humicola, Trichoderma, Penicillium dan Aspergillus. Proses identifikasi spesies menjadi suatu langkah penting dalam penelitian berbasis biologi. Kesalahan dalam identifikasi suatu organisme seperti fungi akan memberikan dampak pada penelitian terkait sehingga memberikan kesimpulan atau hasil yang kurang tepat. Identifikasi fungi secara morfologi memiliki beberapa keunggulan seperti dapat mengatahui setiap tahapan siklus hidup. Namun tidak dapat dipungkiri bahwa terdapat kemiripan pada beberapa bentuk morfologi suatu spesies yang berkerabat dekat. Hal ini dapat menyulitkan identifikasi secara morfologi sehingga tidak jarang terjadi adanya kesalahan dalam pengidentifikasian spesies fungi. Metode lain yang dapat digunakan yaitu identifikasi secara molekuler. Metode ini menggunakan wilayah DNA pendek secara cepat, akurat, dan standar untuk identifikasi tingkat spesies terutama dalam kelompok taksonomi yang kurang dipelajari dan kompleks. Dibutuhkan gen marka untuk mengidentifikasi suatu spesies. Gen marka yang sering digunakan untuk DNA barcoding pada fungi yaitu Internal Transcribed Spacer (ITS). Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kualitatif yang bertujuan untuk mengidentifikasi koleksi spesies fungi selulolitik yang diisolasi dari limbah sayur Pasar Gebang, Kabupaten Jember menggunakan penanda ITS. Penelitian ini dilakukan di dua laboratorium meliputi Laboratorium Genetika dan Mikrobiologi Program Sudi Pendidikan Biologi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Jember dan Laboratorium Terpadu dan Sentra Inovasi Teknologi-CDAST Universitas Jember. Sampel penelitian berasal dari isolate fungi hasil dari penelitian Julianto et al (2019) yang diambil dari limbah sayur Pasar Gebang Kabupaten Jember dan diidentifikasi secara molekuler pada daerah ITS. Prosedur penelitian yang dilakukan meliputi peremajaan fungi selulolitik, isolasi DNA, amplifikasi PCR, elektroforesis, dan analisis sequensing. Berdasarkan hasil serangkaian prosedur penelitian yang telah dilakukan, kultur murni dari fungi selulolitik FsR2 secara morfologi memiliki karakter miselium berwarna coklat kehitaman, konidia berwarna coklat tua, memiliki 3-4 distoseptat, berbentuk ellipsoid, sel ketiga dari ujung basal sering membesar dan tersusun berkelompok maupun soliter. Uji lanjut secara molekuler dengan amplifikasi PCR menggunakan primer ITS 4R dan 5F menghasilkan adanya pita DNA berukuran 600 bp. Sampel amplifikasi DNA yang telah terdeteksi kemudian dikirimkan ke PT Genetika Science Indonesia untuk dilakukan tahapan purifikasi dan sequensing dengan prosedur First Base Singapore. Hasil penyejajaran pada isolat FsR2 teridentifikasi sebagai Curvularia lycopersici dengan total score=854; query cover= 85%; E.value=0,0; Per.Ident=96,54%.