DNA Barcoding Anggrek Vanda tricolor Asal Dari Gunung Gumitir Menggunakan Penanda Molekuler matK, rbcL Dan ITS2

Abstract

Anggrek (Orchidaceae) merupakan tumbuhan berbunga yang memiliki estetika dan ekonomi yang tinggi. Anggrek Vanda tricolorHook. merupakan salah satu spesies anggrek obat yang banyak diminati karena dapat digunakan sebagai aroma terapi dan akarnya mengandung metabolit sebagai obat anti kanker.Umumnya anggrek V. tricolordiidentifikasi berdasarkan karakteristik morfologi seperti bentuk daun, perbedaan warna bunga, tekstur dan kelopak bunganya. Genus Vanda terdiri atas banyak jenis antara lain adalah V. tricolordanVanda limbata. Kedua spesies tersebut memiliki persamaan bentuk daun yang linear dengan tepi daun rata (entire). Waktu berbunga anggrek V. tricolorrelatif lama yaitu limatahun sehingga sulit menemukan tanaman anggrek tersebut dalam keadaan berbunga oleh karenaitu diperlukan metode identifikasi alternatif melalui DNA barcoding. DNA barcodedapat diperoleh dari inti, kloroplas dan mitokondria.Penanda molekuler matK dan rbcL merupakan penanda yang berasaldari kloroplas dan telah disarankan oleh CBOL sebagai barcodeuntuk DNA tanaman. Daerah Internal Transcribed Spacer(ITS) merupakan barcode potensial yang berasal dari inti. Sekuen DNA barcodestandar rbcL untuk spesies Vanda tricolorbelum tersedia dalam NCBI (National Center for Biotechnology Information). Oleh karena itu pada penelitian ini akan dilakukan identifikasi barcodepotensial melalui penanda molekuler spesifik yaitu matK, rbcLdan ITS2 untuk anggrek V. tricolor. PenelitianDNA barcoding V. tricolordilakukan dengan identifikasi anggrek V.tricolor, isolasi DNA dilakukan menggunakan KIT GenEx, ixamplifikasi DNA, analisis PCR, sekuensing DNA menggunakana jasa 1stBase, Singapura dan analisis data. Hasil penelitian menunjukkan bahwa V. tricolorberhasil diamplifikasi menggunakan tiga set primer matK, rbcLdan ITS2 dengan Query lengthberturut-turut yaitu 408 bp, 317 bp dan 461 bp. Hasil analisis BLAST matK menunjukkan bahwa sampel anggrek V. tricolormemiliki homologi sebesar 64%dengan spesies spesies homolognya yaitu V. tricolor(MT518856.1). Hasil analisis BLAST sekuen rbcLV. tricolormenunjukkan kesamaan dengan Vanda coerulea(KX344633.1)asal India dengan nilai Per. Indent 98.91%. Hasil analisis BLAST sekuen ITS2 dari V. tricolormenunjukkan homologi tertinggi dengan V. tricolor (EF670373.1) yang berasal dari Switzerland dengan nilai Per. Ident98.91%. Reontruksi filogenetik V. tricolorITS2 membentuk satu cabang dengan spesies homolog yaitu V. tricolorpada NCBI. Sekuen matKdan ITS2 yang digunakan pada anggrek V. tricolorbersifat spesifik dan dapat membedakan sampai ke tingkat spesies