Target Mutasi Gen SD1 Menggunakan CRISPR/CAS9 (pRGEB32) untuk Memangkas Tinggi Tanaman Padi Lokal

Abstract

Indonesia memiliki kekayaan plasma nutfah padi yang melimpah. Tercatat bahwasanya Indonesia memiliki lebih dari 8.500 tanaman padi tipe lokal dan tanaman padi liar yang tersimpan pada IRRI. Tanaman padi lokal memiliki keunggulan yakni kemampuan adaptasi secara evolusi, sehingga menjadikannya tahan terhadap tingginya diversitas serangan hama dan penyakit di Indonesia. Disamping keunggulan yang dimiliki padi lokal, terdapat keterbatasan agronomis yang dimiliki padi lokal tinggi tanaman yang melebihi 120 cm dan jumlah anakan relatif sedikit. Diperkenalkannya varietas Taichung Native 1 (TN1) menjadi awal mula pengembangan tanaman padi semi-dwarf dengan produktivitas yang tinggi. Introduksi varietas tersebut masih dihadapkan dengan permasalahan, yakni kurang adaptifnya terhadap serangan hama dan penyakit di Indonesia. Fenomena tersebut disebabkan varietas padi modern seperti TN1 tidak memiliki background genetik padi lokal Indonesia, sehingga padi tersebut tidak memiliki mekanisme ketahanan khusus untuk beradaptasi dengan kondisi lingkungan Indonesia. Hal tersebut menjadikan pentingnya pengembangan tanaman padi lokal. Perakitan tanaman padi semi-dwarf yang berasal dari tanaman padi dengan background genetik lokal akan jauh lebih adaptif terhadap lingkungan asalnya. Tujuan dari penelitian ini yakni untuk memberikan informasi hasil dari penonaktifan gen SD1 dan hubungannya terhadap pemangkasan tinggi tanaman padi lokal. Hasil dari penelitian ini yakni telah didapatkan desain sgRNA dan konstruksi plasmid pRGEB32 yang tersusun sebagai kompleks CRISPR/Cas9 untuk melakukan knockout pada gen SD1 (OsGA20ox2), serta didapatkannya planlet transforman padi varietas Ketan Hitam melalui seleksi menggunakan antibiotic hygromycin.