Studi Molecular Docking dan Molecular Dyanamic dalam Penelusuran Senyawa Aktif Tapak Liman (Elephantopus scaber) sebagai Antiinflamasi

Abstract

Studi Molecular Docking dan Molecular Dynamic dalam Penelusuran Senyawa Aktif Tapak Liman (Elephantopus scaber) sebagai Antiinflamasi: Annisaa Eka Prasetia: 222210101140: 2026: 42 Halaman: Fakultas Farmasi, Universitas Jember. Inflamasi adalah respon sistem imun terhadap rangsangan berbahaya, seperti patogen, sel rusak, senyawa toksik, atau radiasi dan bekerja dengan membuang rangsangan yang merugikan serta memulai proses penyembuhan. Dalam beberapa kasus pelepasan mediator inflamasi yang berkepanjangan dapat mengakibatkan terjadinya dan berkembangnya beberapa penyakit, seperti diabetes, aterosklerosis, asma, kanker, autoimun, dan lain-lain. Salah satu tumbuhan yang memiliki potensi dikembangkan sebagai agen antiinflamasi, yaitu tumbuhan tapak liman (Elephantopus scaber). Dalam menelusuri potensi tersebut dapat memanfaatkan kemajuan teknologi computer untuk mempercepat proses penemuan obat. Metode komputasional yang saat ini sedang berkembang, yaitu molecular docking dan molecular dynamic menjadi langkah strategis untuk memprediksi interaksi senyawa aktif suatu tumbuhan dengan protein target. Pada penelitian ini dilakukan pendekatan komputasional melalui penelusuran senyawa metabolit sekunder yang terdapat dalam tapak liman berdasarkan data literatur dan basis data, dilanjutkan dengan seleksi senyawa berdasarkan prediksi aktivitas antiinflamasi, analisis interaksi menggunakan studi molecular docking, serta evaluasi kestabilan kompleks melalui simulasi molecular dynamics. Metabolit sekunder tumbuhan tapak liman yang terdiri dari golongan seskuiterpen, flavonoid, fenol, dan steroid diprediksi memiliki potensi sebagai agen antiinflamasi. Hasil docking molekuler menunjukkan bahwa scabertopinolide H memiliki afinitas ikatan yang tinggi terhadap COX-2, sedangkan ursolic acid menunjukkan afinitas tinggi terhadap enzim lipoksigenase. Interaksi kedua senyawa tersebut melibatkan residu-residu penting yang berperan dalam aktivitas enzim. Simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa kompleks COX-2–scabertopinolide H dan lipoksigenase–ursolic acid memiliki stabilitas struktur yang baik berdasarkan nilai RMSD dan radius girasi. Meskipun demikian, beberapa residu pada permukaan protein menunjukkan fluktuasi, yang mengindikasikan adanya fleksibilitas lokal tanpa mengganggu kestabilan kompleks secara keseluruhan.