Indentifikasi Anggrek Obat Dendrobium discolor Lindl. Menggunakan DNA Barcoding

Abstract

Orchidaceae memiliki nilai penting tidak hanya dari segi estetika, fitoterapi, dan ekologi tetapi juga dalam bidang terapeutik yaitu penggunaan sebagai obat. Salah satu anggrek obat yang ada di Indonesia adalah Dendrobium discolor Tanimbar, Maluku. Anggrek ini telah dimanfaatkan untuk mengobati berbagai macam penyakit seperti disentri, menghilangkan rasa sakit, dan mengobati penyakit kulit. Identifikasi D. discolor Tanimbar menggunakan morfologi organ vegetatif tidak mudah karena adanya kemiripan dengan D. discolor Merauke dan D. bigibbum sehingga memerlukan organ generatif seperti bunga untuk identifikasi lebih lanjut. Namun, karakter tersebut tidak mudah didapatkan. Adanya inkonsistensi nama lokal dan sinonim ilmiah menimbulkan kesulitan dalam identifikasi konvensional. Adanya peningkatan kerusakan hutan dan perdagangan ilegal juga mengancam keberadaan spesies anggrek anggrek di alam. Hal ini menyebabkan perlunya identifikasi secara molekuler menggunakan penanda molekuler spesifik rbcL dan ITS di samping identifikasi secara morfologi. Ekstraksi DNA genom dilakukan menggunakan metode CTAB dan NEXprepTM Plant DNA Mini Kit (NEXTM Diagnostics, Korea). Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan mesin PCR sebanyak 35x siklus. Penentuan urutan DNA produk PCR yang telah dipurifikasi menggunakan purification Kit (Jena Bioscience, Jerman) dilakukan dengan mesin DNA sekuenser ke 1st BASE, Singapura. Data sekuen DNA hasil sekuensing dianalisis secara bioinformatik melalui NCBI, MEGAX dan Clustal X 2.1. Hasil PCR menunjukan pita DNA tebal dan spesifik pada ukuran yang ditargetkan (rbcL sebesar 600 bp sedangkan ITS sebesar 900 bp). Hasil rekonstruksi pohon filogenetik sekuen rbcL D. discolor (section Spatulata) menunjukan adanya kemiripan dengan spesies D. salaccense (Accession: LC193510.1) dari section Grastidium, dengan persentase identifikasi mencapai 99,45%. Pohon filogenetik sekuen ITS D. discolor (section Spatulata) menunjukan adanya kemiripan dengan D. nindii (Accession: AY239985.1) dari section Spatulata. Persentase identifikasi ke dua spesies ini mencapai 98,67%. Sekuen rbcL D. discolor menunjukan homologi sekuen yang tinggi dibandingkan sekuen ITS. Penggunaan sekuen ITS pada Dendrobium dicolor Tanimbar, Maluku menunjukkan hasil yang lebih spesifik karena mampu mendeskrimisasi hingga tingkat spesies dengan beberapa perbedaan basa nuklotida yang berpotensi sebagai barcode spesifik spesies D, discolor. Berdasarkan hasil tersebut ITS dapat direkomendasikan sebagai penanda molekuler untuk menentukan barcode dari spesies Dendrobium discolor Tanimbar, Maluku.