Identifikasi Molekuler Fungi Endofit Daun Kesambi (Schleichera Oleosa) dan Ketapang (Terminalia catappa) Berdasarkan rDNA Its (Internal Trancribed Spacer)

Abstract

Kesambi memiliki potensi bidang farmakologis yaitu dapat digunakan sebagai antikanker, antioksidan dan antimikroba. Beberapa organ dari kesambi telah digunakan untuk pengobatan berbagai penyakit pada manusia seperti nyeri, penyakit kulit, borok, disentri, gigitan ular, dan melindungi dari malaria. Sedangkan ketapang dapat digunakan untuk nyeri sendi, disentri, sariawan, diuretik, kardiovaskuler, kulit, liver, pernafasan, gonorrhea, dan insomnia. Beragam khasiat yang dimiliki kesambi dan ketapang disebabkan kandungan metabolit sekunder terutama pada bagian daunnya. Namun ekstraksi dan pemurnian zat metabolit aktif dari tanaman obat membutuhkan biomassa yang besar serta melalui pengambilan sampel yang destruktif. Sehingga dibutuhkan alternatif lain untuk mengambil khasiat pada kedua tanaman obat tersebut tanpa harus merusak tatanan ekologis mereka di alam. Setiap tanaman tingkat tinggi memiliki beberapa mikroba endofit, salah satunya fungi endofit yang dapat menghasilkan senyawa bioaktif atau metabolit sekunder sebagai akibat transfer genetik dari tanaman inangnya ke dalam fungi endofit. Fungi endofit berhasil diisolasi dari tanaman kesambi dan ketapang yang berasal dari Taman Nasional Baluran. Total isolat yang ditemukan adalah 2 isolat dari Kesambi (Schleicera oleosa) dan 1 isolat dari Ketapang (Terminalia catappa) yang selanjutnya disebut dengan KS1, KS2 dan KT1. Identifikasi molekuler dilakukan untuk mendapat hasil yang lebih teliti dan akurat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi spesies fungi endofit apa saja yang terdapat pada tanaman ketapang (Terminalia catappa) dan tanaman kesambi (Schleichera oleosa) secara molekuler. Tahap awal yaitu peremajaan fungi endofit yang telat diperoleh sebelumnya kemudian dilanjutkan ekstraksi DNA. Eksraksi DNA tiga sampel fungi endofit menggunakan metode SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) kemudian hasil ekstraksi dirunning elektroforesis dan divisualisasikan dengan UV transiluminator. Selanjutnya dilakukan amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan mesin PCR untuk amplifikasi daerah ITS rDNA sampel fungi endofit daerah ITS1 dan ITS2 menggunakan pasangan primer ITS4 dan ITS5. Hasil penelitian menunjukkan pada tahap PCR ketiga sampel berhasil diannealing pada suhu yang berbeda yaitu sampel KS1 pada suhu 41,5°C, KS2 pada suhu 55,1°C, dan KT pada suhu 53,4°C. Setelah amplifikasi PCR, dilanjutkan proses purifikasi oleh PT. Genetika Science kemudian dilanjutkan tahap sekuensing oleh FirstBASE Laboratory hingga didapat gambar kromatogram kemudian dianalisa dan dicocokkan dengan sekuen nukleotida database fungi yang terdapat pada National Center for Biotechnology Information (NCBI) menggunakan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Isolat KS1 menunjukkan kemiripan yang paling tinggi dengan sekuen Microascus gracilis sehingga dapat teridentifikasi sebagai spesies Microascus gracilis, sedangkan isolat KS2 menunjukkan kemiripan yang paling tinggi dengan sekuen Rhizopus microspores sehingga teridentifikasi sebagai spesies Rhizopus microsporus, dan isolat KT menunjukkan kemiripan yang paling tinggi dengan sekuen Rhizomucor pusillus sehingga teridentifikasi sebagai spesies Rhizomucor pusillus. Hasil analisis filogenik menunjukkan bahwa ketiga fungi endofit tersebut memiliki kekerabatan yang jauh karena memiliki banyak perbedaan karakterkarakter genetik.