DETEKSI Sugarcane Mosaic Virus PADA TEBU (Saccharum officinarum L.) MENGGUNAKAN METODE Reverse Transcription – Polymerase Chain Reaction

Abstract

Penyakit mosaik adalah salah satu penyakit penting pada tanaman tebu di Indonesia yang salahsatunya disebabkan oleh Sugarcane Mosaic Virus (ScMV). Kehadiran penyakit ini dapat menekan tingkat produktifitas tanaman tebu (Saccharum officinarum L.) 0.2% sampai 50% tergantung tingkat infeksi virus dan ketahanan varietas terhadap penyakit mosaik. Gejala mosaik pada tebu sulit untuk dibedakan dengan kelainan yang diakibatkan oleh kekurangan nutrisi seperti klorosis, selain itu penyakit mosaik juga dapat diakibatkan oleh ScSMV (Sugarcane Streak Mosaik Virus). Untuk itu diperlukan pengkajian awal untuk mendeteksi ScMV menggunakan metode RT-PCR. Deteksi awal gejala mosaik, dilakukan dengan survey gejala dan pengambilan sampel daun tebu yang terdapat gejala mosaik di lapang. Uji tular dengan inokulasi mekanik pada tanaman model sorgum dan tebu untuk memastikan gejala mosaik akibat infeksi virus. Gejala mosaik yang muncul dideteksi dengan RT-PCR. Hasil survey gejala menunjukkan gejala mosaik berupa garis-garis kuling-hijau pada lembaran daun tebu. Varietas tebu yang terserang ScMV adalah PS 864, PS 88, VMC 7616 dan Cokro. Hasil uji tular pada tanaman sorgum dan tebu menjukkan gejala mosaik yang mirip dengan gejala mosaik lapang dengan tingkat keparahan pada 42 hari setelah inokulasi mencapai 25-72,19 % pada sorgum dan 0-26,67% pada tebu. Deteksi RTPCR pada tebu lapang, uji tular pada sorgum dan tebu menunjukkan adanya band DNA unukuran 900 bp yang diduga gen cp ScMV setelah elektroforesis gel. Berdasarkan hasil pembacaan urutan nukeotida pita DNA hasil RT-PCR, diperoleh sekuensi yang ukurannya bervariasi yang berkisar 804 nt dari sampel tebu di lapang hingga 906 nt dari sampel hasil propagasi. Sebanyak 710 nukleotida dari masing-masing sampel (tanaman di lapang, tanaman propagasi, dan tanaman uji tular) berhasil dipilih berdasarkan analisa pensejajaran berganda (multiple aligment) menggunakan ClustalW. Hasil analisis sekuens melalui BLAST di NCBI menunjukkan gen tersebut adalah gen CP ScMV homolog dengan gen cp ScMV database dengan tingkat identity mencapai 91%, query cover 98%, dan E-Value 0,0. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa metode RT-PCR sangat efektif untuk mendeteksi ScMV.