KLONING GEN UNTUK PROTEIN SUCROSE RANSPORTER DARI DAUN TEBU (Saccharum officinarum L.) MENGGUNAKAN METODE RT-PCR

Abstract

Pada tanaman tingkat tinggi daun merupakan organ utama dalam proses fotosintesis, yang menghasilkan sukrosa sebagai produk utamanya. Sukrosa dapat ditranslokasikan ke organ lain untuk mendukung pertumbuhan dan perkembangan tanaman. Translokasi sukrosa dalam tanaman difasilitasi oleh protein Sucrose Transporter (SUT). Mengingat pentingnya peranan SUT pada tanaman tebu perlu dilakukan penelitian tentang isolasi DNA SUT. Untuk mengisolasi DNA SUT ini digunakan metode RT-PCR. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkloning (isolasi) full lenght cDNA SUT dari daun tebu. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pusat Penelitian Biologi Molekul Universitas Jember mulai Bulan Oktober 2007 sampai dengan Juni 2008. Hasil penelitian menunjukan bahwa full lenght DNA SUT tebu belum berhasil diisolasi dengan metode RT-PCR. Fragmen cDNA SUT berhasil diisolasi sekitar 1431 bp dengan mengunakan primer forward (IF) 5’AGC CTC GGC AGG CTC ATC CTC-3’ dan primer reverse (IIR) 5’GGA GAT CTT GGG CAG CAG GAA -3’. Hasil squensi mempunyai homologi dengan Saccharum officinarum (ShSUT1) ( Rae et al., 2005) nomor asesi AY780256.1 sebesar 99%, Zea mays (ZmSUT) (Aoki et al., 1999) nomor aksesi NM 001111370.1 sebesar 93 % dan Oryza sativa (OsSUT) (Hiroze et al., 1997) nomor aksesi D87819.1 sebesar 83 %. Isolasi full length cDNA SUT daun dilanjutkan dengan metode RACE (Rapid Amplification 0f cDNA End) untuk menentukan nukleotida pada ujung 5’ dan ujung 3’. Hasil isolasi dengan nukleotida RACE ujung 3’ menunjukan bahwa terdapat fragmen cDNA 250 bp. Sequensi fragmen cDNA tersebut menunjukan

homologi 98,5% dengan ShSUT1 Rae et al., 2005, pada bagian ujung 3’ yang mengandung stop codon. Tetapi isolasi RACE ujung 5’ hanya menghasilkan fragmen cDNA SUT ujung 5’ yang belum mempunyai start codon bila dihomologikan dengan ShSUT (Rae et al., 2005). Hasil sekuensi menunjukkan 98,5 % sesuai dengan urutan nukleotida SUT daun tebu (Rae et al., 2005) setelah dihomologikan. Sedangkan hasil cDNA Ujung 5’ yang mengandung start codon belum dapat diisolasi, diduga karena terputusnya N terminal saat isolasi RNA.