Karakterisasi Morfologi dan Penanda Molekuler Random Amplified Polymorphic Dna (Rapd) Dua Puluh Aksesi Tanaman Garut di Kabupaten Jember

Abstract

Kabupaten Jember merupakan salah satu daerah yang menanam tanaman garut tanpa budidaya. Bahkan dibeberapa desa terdapat tanaman garut yang sudah jarang ditemui. Oleh karena itu, karakterisasi tanaman garut diperlukan untuk menjaga kelestarian plasma nutfah serta berperan penting untuk program pemuliaan tanaman yaitu dalam konservasi dan preservasi varietas lokal.. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui tingkat kekerabatan dan tingkat keragaman 20 aksesi tanaman garut melalui karakteristik morfologi dan analisis molekuler menggunakan penanda molekuler Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Penelitian ini dilaksanakan pada Bulan Juni hingga Desember 2022 yang mencakup penelitian di lapangan yaitu di Kecamatan Sumbersari, Wuluhan dan Arjasa dengan mengambil sampel tanaman pada setiap desa tersebut dan mengkarakteristik morfologi serta analisis Laboratorium untuk Isolasi DNA dan Polymerase Chain Reaction (PCR) di Laboratorium Agroteknologi Universitas Jember. Data karakter morfologi yang bersifat deskriptif dinilai secara numerik dengan memberikan skorring yang menggambarkan perbedaan (Berlinda, dkk.,2016). Data fenotipe total dari sampel tersebut kemudian dianalisis lebih lanjut menggunakan Principal Component Analysis (PCA). Data karakter molekuler (fragmen DNA) diperoleh berdasarkan hasil skoring pita amplifikasi dengan klasifikasi “1” bila terdapat pita hasil amplifikasi dan “0” bila tidak terdapat pita hasil amplifikasi atau berupa data biner (Zulfahmi, 2013). Sama halnya dengan data karakter morfologi, data karakter genetik juga dianalisis dengan analisis Principal Component Analysis (PCA) untuk mengungkap data matriks korelasi selanjutnya menggunakan program SIMQUAL, SAHN, dan TREE dari Numerical Taxonomy and Multivariate Analysys System (NTSys). Kemudian data dianalisis menggunakan analisis kluster Unweight Pair Group Method and Arithmethic Average (UPGMA). Hasil analisis klaster dapat dilihat dalam bentuk dendogram. Berdasarkan hasil analisis klaster 20 aksesi tanaman garut diperoleh 3 grup besar untuk karakterisasi morfologi, sedangkan untuk hasil analisis klaster analisis genomik melalui penanda molekuler diketahui bahwa 20 aksesi tanaman garut dibagi menjadi 2 grup besar pada jarak koefisien yang lebih jauh.