Analisis DNA Barcode Anggrek Liparis resupinata Ridl. Asal Kawasan Gunung Gumitir Menggunakan Penanda Molekuler matK, rbcL, dan ITS2

Abstract

Indonesia merupakan negara megabiodiversitas yang memiliki keanekaragaman jenis anggrek yang melimpah. Keunggulan tanaman anggrek ditentukan oleh warna, ukuran, bentuk. susunan, jumlah kuntum bunga per tangkai, panjang tangkai, dan daya tahan kesegaran bunga. Anggrek Liparis resupinata Ridl. merupakan salah satu spesies anggrek yang diminati. Umumnya anggrek L. resupinata diidentifikasi berdasarkan karakterik morfologi seperti bentuk daun dan warna bunga. Kekurangan dari identifikasi dengan metode ini adalah adanyanya perubahan morfologi (bentuk dan warna) yang dipengaruhi oleh lingkungan sehingga menyebabkan ketidaktepatan identifikasi suatu spesies. Kendala tersebut dapat menjadi suatu masalah terhadap taksonomi. Liparis resupinata memiliki kemiripan morfologi dengan anggrek Bullbophylum odoratum dan Liparis condylobulbon. Berdasarkan hal tersebut perlu dilakukan identifikasi molekuler untuk memastikan kedudukan taksonomi anggrek Liparis resupinata melalui identifikasi pendukung melalui analisis DNA barcode. DNA barcode merupakan sekuen DNA yang mampu menunjukkan variasi genetik suatu spesies. Identifikasi dengan DNA barcode diperlukan penanda molekuler. Penanda molekuler yang umum digunakan pada anggrek dan telah disarankan oleh CBOL adalah matK, rbcL, dan ITS2. Keunggulan ketiga penanda molekuler tersebut yaitu matK dan rbcL yang memiliki tingkat homologi yang tinggi dan ITS2 memiliki variabilitas yang signifikan tinggi. Oleh karena itu pada penelitian ini dilakukan identifikasi molekuler melalui penanda molekuler spesifik yaitu matK, rbcL, dan ITS2 untuk L. resupinata. Penelitian dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu identifikasi morfologi dan identifikasi molekuler. Identifikasi morfologi dilakukan dengan melakukan pengamatan terhadap habitus L. resupinata yang meliputi daun dan bunga. Identifikasi secara molekuler dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu isolasi DNA genom dengan larutan CTAB, amplifikasi DNA target dan analisis PCR, sekuensing DNA menggunakan jasa 1st Base, Singapura dan analisis data. Hasil penelitian menunjukkan bahwa L. resupinata berhasil diamplifikasi menggunakan tiga set primer matK, rbcL, dan ITS2 dengan Query length berturut-turut 447 bp, 584 bp, dan 474 bp. Hasil analisis BLAST matK menunjukkan bahwa sampel anggrek L. resupinata memiliki kesamaan dengan Liparis resupinta (KY966898.1) asal China dengan nilai Per. Ident 100%. Hasil analisis BLAST sekuen rbcL pada L. resupinata menunjukkan kesamaan dengan Liparis vivipara (MK862100.1) asal China dengan nilai Per. Ident 99,49%. Hasil analisis BLAST sekuen ITS2 L. resupinata menunjukkan homologi tertinggi dengan Liparis resupinta (KY966612.1) yang berasal dari China dengan nilai Per. Ident 99,2 %. Rekontruksi filogenetik L. resupinata ITS2 membentuk satu cabang dengan spesies homolog yaitu L. resupinata (KY966612.1) dengan nilai himologi sebesar 99%.