Diversitas Bakteri Simbion di Midgut Aedes aegypti Berdasarkan Database 16S RDNA

Abstract

Penyakit demam berdarah dengue (DBD) adalah salah satu penyakit infeksi yang endemik di lebih dari 100 negara termassuk Indonesia dan memiliki tingkat morbiditas serta mortalitas yang tinggi. Penyebab penyakit DBD adalah virus dengue (DENV). Virus ini ditularkan ke manusia melalui nyamuk Aedes (Ae.), terutama spesies Ae. aegypti betina. Tingginya kasus infeksi DBD menyebabkan perlunya tindakan preventif untuk pengendalian vektor DENV. Bakteri simbion diketahui dapat memiliki peranan dalam mempengaruhi kompetensi vektor dalam transmisi DBD berdasarkan hasil penelitian. Untuk lebih memperjelas target potensial bakteri yang berperan penting dalam pengendalian vektor dapat dibantu dengan analisis in silico Analisis in silico dilakukan berdasarkan sekuens 16s rDNA yang digunakan untuk mengetahui diversitas bakteri yang diambil dari database. Koleksi sekuens dilakukan melalui website GenBank NCBI (National Center for Biotechnology Information dengan dua kelompok bakteri kultur dan tidak dapat dikulturkan. Kompilsai sekuens dilakukan dalam notepad. Analisis dan visualisasi diversitas bakteri menggunakan Website PATRIC (the Pathosystem Resource Integration Center). Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa taxa bakteri yang dapat dtemukan pada midgut Ae. aegypti berdasarkan database memiliki kesamaan pada kelimpahan taxa yang dominan hingga pada tingkat famili namun dengan tingkat persentase yang berbeda dimana filum paling dominan dalah Proteobacteria, kelas paling domninan Gammaproteobacteria, ordo paling dominan adalah enterobacterales, famili paling dominan adalah Enterobacteriaceae. Taxa genus dan spesies pada masing-masing kelompok memiliki hasil taxa paling dominan yang berbeda yaitu Salmonella dan Escherihia.