dc.description.abstract | Covid-19 merupakan suatu penyakit baru yang menyerang sistem
pernapasan pada manusia yang penyebarannya sangat cepat hingga hampir ke
seluruh dunia dan menjadi pandemi baru di dunia pada Maret 2019. Covid-19 ini
disebabkan oleh infeksi virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
(SARS CoV-2).
SARS CoV-2 merupakan virus corona jenis baru yang belum pernah
diidentifikasi sebelumnya pada manusia. SARS-CoV-2 termasuk dalam famili
Coronaviridae dan termasuk dalam genus Betacoronavirus. Siklus hidup dari virus
ini dimulai dari proses masuknya sel virus ke dalam sel inang, untuk memulai
endositosis. Proses masuknya virus tersebut melalui membran sel inang dengan cara
berinteraksi langsung antara reseptor tubuh ACE-2 dengan protein spike SARS
CoV-2, kemudian virus akan menginfeksi sel inang.
Infeksi virus terhadap sel hinang dapat dihambat, salah satunya dengan cara
menghambat reseptor ACE-2 berinteraksi dengan protein spike SARS CoV-2
sehingga mencegah terjadinya infeksi virus ke dalam sel inang. Ada beberapa obat
yang efektif untuk bekerja pada target terapi tersebut, contohnya umifenovir
(arbidol), klorokuin dan hidroksiklorokuin. Klorokuin dan hidroksiklorokuin
merupakan obat antimalaria sedangkan umifenovir merupakan obat antivirus yang
cukup ampuh dalam menangani kasus infeksi virus baru muncul baru-baru ini
seperti, Ebola, Hepatitis C, dan lain-lain. Umifenovir mengandung inti senyawa
indol didalamnya, berdasarkan literatur manfaat dari senyawa yang memiliki
struktur inti yang sama kemungkinan memiliki aktivitas biologis yang sama pula,
maka dari itu diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menemukan ataupun
mengembangkan suatu obat baru. Tahapan awal dari proses tersebut ialah virtual
screening.
In silico merupakan suatu metode virtual screening berbasis komputasi di
era modern ini. Virtual screening merupakan suatu tahapan penyeleksian untuk
menemukan kandidat senyawa obat baru dengan cara penambatan molekuler.
Perangkat lunak yang digunakan untuk proses penambatan molekuler yaitu,
PyRx®. Penambatan molekuler ini menggunakan senyawa alam indol sebagai ligan
uji dan protein spike SARS CoV-2 dengan PDB ID 6VXX dan 6VYB. Pemilihan
kedua protein didasarkan atas strukturnya yang masih utuh belum mengalami
mutasi dan modifikasi sehingga dapat terlihat berbagai variasi pengikatan dengan
metode blind docking. Pencarian senyawa alam indol sebagai ligan uji dilakukan
dengan menggunakan search engine, dan didapatkan 20 senyawa uji dengan
umifenovir sebagai senyawa pembanding.
Tahapan awal dalam penambatan molekuler yaitu dengan dilakukannya
preparasi ligan serta makromolekul yang akan digunakan, dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio Visualizer® dan PyRx®.
untuk proses molecular docking hingga mendapatkan hasil. Hasil dari
penambatan molekuler didapatkan 9 senyawa (6VXX) dan 16 senyawa (6VYB)
yang lebih baik afinitas ikatannya dibandingkan umifenovir dengan daerah
pengikatan yang berbeda, sedangkan jika ditinjau dari daerah pengikatan (grid)
yang mirip terdapat 5 senyawa (6VXX) dan 14 senyawa (6VYB) yang afinitasnya
lebih baik dibandingkan umifenovir. Pada kedua hasil tersebut memunculkan
urutan senyawa yang sama sehingga dapat diperingkat dari yang paling berpotensi,
dengan kemunculan binding affinity paling rendah yaitu Dragmasidin F,
Trigonoliimin B, Trigonoliimin A, dst. Selain menghasilkan data binding affinity
terdapat pula informasi dari beberapa interaksi yang terjadi pada berbagai asam
amino pada situs aktif yaitu, van der waals, hidrogen bond, pi-cation, pi-alkyl, pisigma,
dan pi-pi T-Shaped.. | en_US |