| dc.description.abstract | Proses analisa DNA merupakan hal yang sangat penting khususnya dalam
mencari kecocokan genom pada dua DNA yang berbeda. Salah satu proses yang
dilakukan untuk melakukan analisa DNA adalah elektroforesis. Elektroforesis
merupakan proses bergeraknya molekul yang memiliki muatan pada suatu medan
listrik, molekul yang bergerak akan berhenti pada jarak migrasi tertentu dan
tergantung pada muatan, bentuk dan ukurannya. Sehingga kecocokan suatu DNA
dapat dianalisa berdasarkan dari hasil elektroforesis DNA tersebut.
Bahan yang digunakan dalam elekroforesis DNA yaitu salah satunya adalah
gel agarosa. Pada DNA hasil elektroforesis gel agarosa, molekul DNA dianalisa
berdasarkan letaknya setelah mengalami migrasi pada proses elektroforesis
tersebut. DNA yang akan dianalisa dibandingkan dengan DNA marker atau DNA
yang telah diketahui ukurannya. DNA memiliki ukuran molekul yang sama dengan
DNA marker ketika DNA tersebut memiliki jarak migrasi sama dengan DNA
marker.
Pada alat yang dirancang ini menggunakan Raspberry Pi 3 model B+ sebagai
pemrosesan citra digital, serta menggunakan kamera Raspberry Pi V1 untuk
mengambil gambar. Hasil gambar dan perhitungan yang telah dilakukan
pengolahan citra akan ditampilkan pada RasPi touchscreen 3.5 inch.
Pada penelitian ini akan menggunakan image processing dengan salah satu
metode nya yaitu dengan metode Gaussian Filter. Image processing dilakukan
untuk melakukan pengolahan citra, pengenalan pola, deteksi tepi dari suatu objek,
pengenalan bentuk molekul DNA yang mengalami migrasi. Gaussian Filter ini
digunakan untuk memperbaiki kualitas pada citra yang akan diuji dan dikarenakan
sering terjadinya citra yang dihasilkan tidak bagus atau tidak akurat pada saat
menentukan nilai molekul DNA tersebut.
Penilitian dilakukan dengan melakukan tracking mouse pada citra yag telah
diolah dengan openCV untuk merealisasikan gambar yang telah diambil oleh
kamera yang digunakan sehingga menghasilkan keluaran ukuran DNA. Ketika
mouse diklik pada gambar DNA, maka muncul nilai ukuran pada DNA dengan
satuan basepairs. Ukuran DNA ditentukan berdasarkan jarak migrasi atau jarak dari
awal DNA diletakkan dalam sumur gel agarose dan bermigrasi berdasarkan
ukurannya hingga DNA tersebut berhenti. Sehingga DNA memiliki karakteristik
yang berbeda pada setiap sampel yang berbeda.
Analisis DNA hasil elektroforesis dapat dilakukan dengan pengolahan citra
untuk mendapatkan nilai molekul DNA pada gel hasil elektroforesis. Dan dapat
menggunakan beberapa metode untuk memperbaiki citra DNA hasil elektroforesis
yaitu menggunakan filter gaussian serta merubah warna menjadi skala grayscale.
Hasil dari pengolahan citra ini yaitu berupa keluaran ukuran molekul DNA setelah
dilakukan trackingmouse. Ketika gambar DNA di klik maka akan muncul nilai pada
DNA tersebut.
Nilai DNA diperoleh berdasarkan DNA marker atau DNA yang telah
diketahui ukurannya. Pada DNA marker ini akan dicari rumus regresinya yaitu
berdasarkan nilai DNA pada masing-masing jarak migrasi yang berbeda. Nilai
DNA yang telah diketahui ukurannya selanjutnya akan dibandingkan dengan
perhitungan manual untuk mengetahui nilai error dari DNA tersebut. Nilai yang di
hasilkan memiliki error persen terkecil yaitu data pengujian pertama dengan nilai
error 0,101% dimana nilai molekul jika dihitung manual 454,193 bp dan jika diolah
menggunakan program 454,650 bp. Nilai error persen terbesar yaitu data pengujian
kedua dengan nilai error 12,411% dimana nilai molekul jika dihitung manual
732,926 bp dan jika diolah menggunakan program yaitu 641,962. | en_US |
