Sintesis dan Purifikasi Protein Rekombinan Kapsid Sugarcane Mosaic Virus (SCMV)

Abstract

Sugarcane Mosaic Virus (SCMV) merupakan virus penyebab penyakit mosaik pada tanaman tebu (Saccharum officinarum L.). Virus SCMV dapat menurunkan produktivitas tanaman tebu sebesar 0.5-45% tergantung dari ketahanan varietas tanaman, galur (strain) virus yang menyerang, iklim dan populasi serangga vektor. Oleh sebab itu, diperlukan penanganan yang serius dalam upaya pengendalian penyebaran SCMV. Metode yang dapat digunakan untuk mendeteksi virus SCMV yaitu melalui uji serologi. Dalam uji serologi diperlukan antigen yang dapat digunakan untuk membentuk antibodi. Antigen diproduksi dengan menggunakan metode protein rekombinan. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan produksi dan purifikasi protein rekombinan kapsid SCMV yang digunakan sebagai antigen untuk memperoleh antibodi yang digunakan dalam uji serologi untuk mendeteksi virus SCMV. Gen yang digunakan dalam produksi protein rekombinan adalah cDNA protein kapsid SCMV. cDNA protein kapsid SCMV disubkloning dalam plasmid pET28a(+) yang kemudian dinamakan pET28a(+)-protein kapsid SCMV. Plasmid pET28a(+)-protein kapsid SCMV ditransformasikan dalam sel Escherichia coli strain BL21. Hasil SDS-PAGE pada protein yang diekstraksi dari E. coli strain BL21 yang memiliki cDNA protein kapsid SCMV menunjukkan protein kapsid SCMV dapat diekspresikan dalam bentuk inclusion body dengan ukuran ±40 kDa. Ekspresi protein rekombinan tersebut tidak dipengaruhi adanya penambahan inducer IPTG. Purifikasi protein rekombinan dilakukan dengan menggunakan kolom afinitas kromatografi resin Ni-NTA dan elektroelusi. Protein rekombinan yang kedua ujungnya telah berfusi dengan 6x histidin tag akan berikatan dengan nikel yang terdapat pada resin sehingga akan dapat dipisahkan protein kapsid SCMV dengan protein lain yang diekstraksi dalam E. coli. Purifikasi yang kedua dilakukan dengan elektroelusi. Metode ini dilakukan dengan memotong gel SDS yang mengandung protein target kemudian mengeluarkan protein tersebut dari gel menggunakan arus listrik. Protein yang telah diperoleh, diukur konsentrasinya dengan metode Lowry. Konsentrasi protein yang diperoleh 15 mg/ml dengan volume total 6 ml.