IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI PAPUMA JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rRNA

Abstract

16S rRNA merupakan salah satu RNA ribosomal yang terdapat pada prokariot, di samping 5S dan 23S rRNA (Pangastuti, 2006). Sekuen 16S rRNA telah sering digunakan sebagai dasar identifikasi prokariota dan keberhasilannya telah telah banyak dilaporkan. Lebih jauh, metode identifikasi bakteri mengunakan sekuen 16S rRNA, memiliki beberapa keunggulan dibandingkan dengan metode konvensional diantaranya karena kecepatan dan keakuratan hasilnya. Penelitian sebelumnya yang dilakukan Huda (2010) terhadap sampel bakteri dari perairan Pantai Papuma, Jember telah berhasil mengisolasi 4 isolat bakteri dari Pantai Papuma Jember, yaitu WU 021004, WU 021009, WU 021015*, dan WU 021042. Keempat isolat tersebut terbukti memiliki aktivitas hidrolitik dalam mendegradasi beberapa jenis polimer, diantaranya adalah tween 40 dan 80 sehingga perlu dilakukan proses identifikasi sebagai langkah lanjutan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi 4 isolat bakteri dari perairan Pantai Papuma Jember secara molekuler berdasarkan sekuen DNA pengkode 16S rRNA serta untuk mengetahui hubungan filogenetiknya. Isolat bakteri yang digunakan yaitu 4 isolat bakteri yang berasal dari Pantai Papuma Jember yaitu WU 021004, WU 021009, WU 021015*, dan WU 0210042 yang berpotensi mempunyai aktifitas hidrolitik. Penelitian dilakukan dengan tahap-tahap yaitu: Isolasi DNA genom yang dilakukan dengan metode frezee and thaw. Kemurnian dan stabilitas profil genom isolat dapat ditentukan dengan BOX PCR. Identifikasi dilakukan dengan mensekuensing DNA hasil purifikasi produk PCR 16S rRNA. Alignment sekuen 16S rRNA dari masing-masing isolat dibandingkan dengan database gen 16S rRNA menggunakan BLAST. DNA genom berhasil diisolasi dan selanjutnya digunakan sebagai template dalam proses PCR. Hasil BOX PCR menunjukkan bahwa hanya isolat bakteri WU 021004 yang memiliki profil pita DNA yang sama dengan profil pita DNA WU 021004 hasil pengujian Huda (2010). Hal ini menunjukkan kestabilan profil genetik yang mengindikasikan kemurnian isolat tersebut. Isolat WU 021004 selanjutnya diidentifikasi dengan mengamplifikasi sekuen DNA pengkode 16S rRNA-nya. Proses PCR sekuens 16S rRNA menggunakan 2 pasang primer dengan tujuan untuk mendapatkan sekuen DNA pengkode 16S rRNA secara utuh. Identifikasi sekuen DNA pengkode 16S rRNA ditentukan dengan urutan nukleotidanya melalui proses sekuensing. Proses sekuensing dan pengeditan dengan program Bioedit Software menghasilkan data sekuen DNA pengkode 16S rRNA sepanjang 902 pasang basa untuk dianalisa dengan program BLAST. Berdasarkan hasil analisa sekuen dengan menggunakan program BLAST, sekuen DNA pengkode 16S rRNA isolat bakteri WU 021004 memiliki kemiripan tertinggi dengan sekuen DNA pengkode 16S rRNA bakteri Pseudomonas alcaliphila strain D11 dengan prosentase kemiripan 99%.