Deteksi Keragaman Genetik pada Varietas Padi Aromatik Tahan Cekaman Kekeringan Menggunakan Penanda Molekuler ISSR (Inter Simple Sequence Repeat)

Abstract

Padi aromatik memiliki kandungan senyawa 2-asetil-1-pirolin (2AP) yang menjadikan permintaan beras aromatik terus meningkat setiap tahunnya. Namun, pengembangan varietas padi aromatik terhalang oleh cekaman kekeringan yang berdampak secara morfologis maupun molekuler. Identifikasi keragaman genetik pada 23 varietas padi aromatik dilakukan dengan memanfaatkan penanda molekuler ISSR. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui informasi keragaman genetik 23 varietas padi aromatik yang telah diberi perlakuan cekaman kekeringan menggunakan PEG 6000 20%. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Center for Development of Advance Science and Technology (CDAST) Universitas Jember sejak bulan Maret 2023 sampai Mei 2023. Metode menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) faktor tunggal, yang terdiri dari 2 perlakuan yaitu kontrol (PEG 0%) dan perlakuan cekaman kekeringan (PEG 20%) yang diulang sebanyak 3 kali. Variabel pengamatan yang diamati antara lain tinggi tanaman, panjang akar, kandungan klorofil total dan karakter molekuler. Data morfologi yang diperoleh dianalisis menggunakan Standard Error of Mean (SEM), sedangkan data karakter molekuler dianalisis dengan metode UPGMA (Unweght Pair Group method Arithmetic) fungsi SIMQUAL (Similarity Quantitative Jaccard’s Index). Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan cekaman kekeringan (PEG 20%) memberikan pengaruh terhadap penurunan tinggi tanaman, panjang akar dan kandungan klorofil total. Hasil pengamatan molekuler berdasarkan pola pita DNA menunjukkan bahwa adanya perbedaan keragaman genetik antara kedua perlakuan. Dendogram pada penelitian ini menunjukkan bahwa penanda molekuler ISSR tidak mampu mengelompokkan antara varietas padi yang memiliki sifat toleran maupun rentan terhadap cekaman kekeringan.