Studi in Silico Molecular Docking dan Molecular Dynamic dalam Penulusuran Senyawa Aktif Kemuning (Murraya Paniculata) sebagai Antiinflamasi

Abstract

Studi In Silico Molecular Docking dan Molecular Dynamic Dalam Penelusuran Senyawa Aktif Kemuning (Murraya paniculata) Sebagai Antiinflamasi: Febiyana Sitta Ainunnisa: 2026: 40 Halaman: Fakultas Farmasi, Universitas Jember. Inflamasi adalah respon kekebalan vital yang melindungi tubuh dari infeksi, kerusakan sel, dan rangsangan berbahaya. Pengobatan kortikosteroid dan nonsteroid efektif dalam menurunkan kejadian inflamasi, namun penggunaan dalam jangka panjang seringkali menimbulkan banyak efek samping (Turangan dkk., 2024). Kemuning atau Murraya paniculata merupakan salah satu tanaman yang berpotensi dikembangkan sebagai antiinflamasi melalui CADD. Computer-Aided Drug Discovery (CADD) merupakan metode yang menggabungkan teknik komputasi dengan pengetahuan biologis untuk mengidentifikasi dan mengoptimalkan kandidat obat potensial. Penelitian diawali dengan pengumpulan senyawa berdasarkan database, dilanjutkan dengan seleksi berdasarkan prediksi aktivitas antiinflamasi dan sifat fisika kimia senyawa. Pada penelitian ini digunakan salah satu metode komputasional berupa molecular docking dan molecular dynamic untuk memprediksi pengikatan di situs aktif target dan menilai kestabilan kompleks. Berdasarkan skrining PASS Online, didapatkan sebanyak 193 senyawa metabolit sekunder pada M. paniculata diprediksi memiki aktivitas terkait antiinflamasi dari total 369 senyawa. Berdasarkan hasil molecular docking, senyawa des-N-methylacronycine memiliki nilai binding affinity terendah dibandingkan senyawa uji lain sebesar -11,2 kkal/mol. Des-N-methylacronycine didominasi oleh interaksi hidrofobik dengan beberapa residu yang sama dengan obat celecoxib seperti ALA513, VAL509, dan VAL335. Sedangkan hasil simulasi molecular dynamic menunjukkan bahwa kompleks COX-2 dengan des-N-methylacronycine memiliki stabilitas yang baik berdasarkan nilai RMSD, RMSF, dan Rg walaupun nilai RMSF menunjukkan adanya fluktuasi pada residu daerah loop. Secara keseluruhan, kompleks COX-2 dengan des-N-methylacronycine tetap menunjukkan kestabilan struktural yang dapat diterima dalam kondisi fisiologis.