Identifikasi Kekerabatan Genetik Padi Lokal Rawa (Oryza sativa L.) Menggunakan Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Abstract

Padi rawa merupakan salah satu sumber plasma nutfah penting yang telah beradaptasi secara khusus terhadap kondisi ekstrim lahan rawa, seperti genangan berkepanjangan, kemasaman tanah yang tinggi, serta cekaman keracunan besi (Fe) dan aluminium (Al). Ketersediaan berbagai sistem marka molekuler memungkinkan perbandingan efisiensi antara metode dalam mengestimasi hubungan kekerabatan berbagai taksa tanaman, termasuk padi (Ravi et al., 2003). Di tengah keragaman ekosistem rawa tersebut, Kabupaten Jember memiliki aksesi padi lokal rawa merah dan rawa putih yang diduga menyimpan karakter genetik spesifik hasil adaptasi jangka panjang terhadap kondisi lingkungan setempat. Sebagai pembanding, digunakan pula sejumlah varietas introduksi dan unggul nasional yang karakternya telah relatif teridentifikasi secara genetik, yaitu IR64 sebagai varietas sawah irigasi yang umum dibudidayakan, Pokkali yang telah lama digunakan sebagai sumber gen toleransi salinitas pada berbagai studi genetik padi, Inpari Sub-1 yang membawa gen SUB1A yang terbukti secara molekuler berperan sebagai penentu utama toleransi rendaman pada padi (Xu et al., 2006), Inpara 8 sebagai varietas unggul baru untuk ekosistem rawa, dan Huma Gogo yang mewakili kelompok padi gogo atau lahan kering. Perbedaan karakter adaptif di antara kelima varietas pembanding ini menjadikannya acuan yang relevan untuk memetakan posisi genetik aksesi lokal rawa Jember. Namun demikian, keberadaan padi lokal rawa saat ini tidak lepas dari ancaman tergerusnya keragaman genetik.