Skrining Kandidat Probiotik Bakteri Asam Laktat Asal Rumen Ternak Menggunakan Gen 16s Rrna

Abstract

Rumen memiliki beragam mikrobia, salah satunya adalah bakteri asam laktat (BAL) yang berpotensi dijadikan sebagai kandidat probiotik. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi BAL asal rumen sapi, rumen domba, rumen kambing sebagai kandidat probiotik berdasarkan marka molekuler 16S rRNA. Cairan rumen sapi, kambing, dan domba dikoleksi dan disaring kemudian sampel dikulturkan pada media selektif MRSA. Hasil kultur kemudian dikarakterisasi fenotipenya berdasarkan morfologi koloni yang tumbuh di media MRSA. Hasil karakterisasi kemudian dibuat kultur tunggal yang selanjutnya divalidasi secara molekuler menggunakan PCR koloni dengan primer 16S rRNA 27F dan 1492R. Tahapan PCR meliputi predenaturasi suhu 94°C selama 1 menit kemudian diikuti denaturasi 94°C selama 30 detik, penempelan 56°C selama 1 menit, ekstensi 72°C selama 30 detik sebanyak 31 siklus dan ekstensi final 72°C selama 5 menit. Seluruh data yang terkumpul dianalisis secara deskriptif kualitatif. Hasil indentifikasi fenotipe mendapatkan 6 isolat bakteri dari rumen sapi, 6 isolat dari rumen kambing, dan 10 isolat dari rumen domba. Hasil validasi menggunakan PCR ditemukan 3 sampel yang positif BAL menghasilkan pita berukuran 1419 bp yang berasal dari 1 sampel sapi dan 2 sampel domba. Kesimpulan dari penelitian ini adalah deteksi BAL secara molekuler dapat dilakukan untuk memvalidasi deteksi fenotipe media agar selektif.