Analisis in Silico Interaksi Lima Kandidat Receptor-Binding Protein Bakteriofag Sen-Nf terhadap Reseptor Bakteri

Abstract

Resistensi antimikroba (antimicrobial resistance/AMR) menjadi ancaman kesehatan global yang mendorong pengembangan bakteriofag sebagai alternatif pengendalian infeksi bakteri. Keberhasilan infeksi bakteriofag sangat dipengaruhi oleh kemampuan receptor-binding protein (RBP) dalam mengenali reseptor permukaan bakteri, sehingga identifikasi kandidat RBP berperan penting dalam memprediksi host range. Penelitian ini bertujuan menganalisis potensi host range bakteriofag Sen-NF berdasarkan hasil molecular docking lima kandidat protein ekor (ORF46, ORF82, ORF83, ORF87, dan ORF89) terhadap protein reseptor dari sebelas bakteri target, menganalisis karakteristik interaksi molekulernya, serta mengidentifikasi kandidat dengan afinitas pengikatan terbaik. Penelitian menggunakan pendekatan bioinformatika yang meliputi identifikasi kandidat RBP berdasarkan anotasi genom, pemodelan struktur tiga dimensi menggunakan ESMFold, validasi kualitas model berdasarkan nilai pLDDT (Predicted Local Distance Difference Test) dan pTM (Predicted Template Modeling score), serta simulasi protein–protein docking menggunakan HDOCK. Kompleks dengan afinitas tertinggi dianalisis lebih lanjut menggunakan PDBsum dan divisualisasikan melalui BIOVIA Discovery Studio. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh kandidat mampu membentuk kompleks stabil dengan reseptor bakteri melalui kombinasi salt bridge, ikatan hidrogen, dan kontak hidrofobik. Afinitas tertinggi diperoleh ORF89 terhadap reseptor OmpE36 Enterobacter sp. dengan HDOCK score sebesar −381,04, diikuti ORF46 terhadap OmpE36 (−380,50), ORF87 terhadap OmpC Salmonella typhi (−375,56), ORF82 terhadap OmpC Escherichia coli (−350,39), dan ORF83 terhadap OmpE36 Enterobacter sp. (−337,27). Hasil tersebut menunjukkan bahwa ORF89 merupakan kandidat RBP paling potensial dalam menentukan host range bakteriofag Sen-NF serta menjadi dasar bagi penelitian eksperimental pada tahap selanjutnya