DETEKSI ISOLAT PATOGEN HAWAR BAKTERI PADA KEDELAI ASAL JEMBER DENGAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION

Abstract

Penyakit hawar bakteri kedelai,Pseudomonas syringae pv. glycinea merupakan salah satu penyakit bakteri penting pada kedelai. Penurunan produksi akibat penyakit tersebut dapat mencapai sampai 20 %. Upaya pengendalian penyakit yang tepat sasaran dan efektif sangat diperlukan. Oleh karena itu identifikasi penyebab penyakit yang tepat dan akurat sangat diperlukan. Salah satu teknik identifikasiyang telah dikembangkan yaitu teknik polymerase chain reaction (PCR). Penelitian telah dilakukan untuk untuk mengidentifikasi penyebab penyakit hawar bakteri kedelai asal Jember dengan teknik PCR menggunakan primer cfl 650. Identifikasi isolat bakteri hawar kedelai asal Jember dengan teknik PCR dilakukan dengan memasukkan campuran reaksi PCR yang ditempatkan dalam tabung eppendorfke dalam thermocyclerdengan pengaturan suhu dan waktu setiap tahapan initial denaturasi, denaturasi, annealing, extension dan final extensionberturut-turut 94°C selama 2 menit, 94°C selama 20 detik, 65°C selama 10 detik, 72°C selama 25 detik dan 72°C selama 4 menit. Campuran reaksi PCR terdiri atas 2XPCR master mix solution 10μl, cetakan DNA 2μl, primer cfl 650 (F) 1μl, primer cfl 650 (R) 1 μl, air steril 7 μl, hasil PCR selanjutnya divisualisasi pada elektroforesis gel agaros 1 %. Sepuluhisolat bakteri hawar kedelai asal Jembermelalui identifikasi dengan teknik PCR terbuktipositif bakteri hawar kedelai, P. syringae pv. glycinea yang telah umum dikenal dan tersebar serta berkembang di sentra produksi tanaman kedelai di Indonesia. Teknik PCR untuk identifikasi bakteri hawar kedelai dengan menggunakan cetakan DNA dari daun yang terinfeksi, masih perlu dikembangkan dengan memperhatikan konsentrasi DNA bakteri dalam jaringan daun yang terinfeksi.