IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rRNA

Abstract

Bakteri merupakan kelompok mikroorganisme yang paling dominan di lingkungan perairan. Diversitas bakteri sangat berpengaruh dalam melaksanakan fungsi dekomposisinya, hal ini karena tinggi rendahnya aktivitas dekomposisi tergantung pada jenis komunitas bakteri yang menyusun struktur ekosistem perairan tersebut. Oleh karena itu mempelajari diversitas bakteri merupakan tahap penting untuk mempelajari peranannya sebagai dekomposer di ekosistem perairan. Sebanyak 20 isolat bakteri asal perairan pantai Bandealit Jember telah diisolasi dan 5 isolat diantaranya dikarakterisasi morfologi, profil metabolik dan profil genetiknya. Lima isolat bakteri tersebut yaitu BA011109, BA041109, BA041109*, BA061109, dan BA091109 yang diindikasikan memiliki aktifitas hidrolitik. Sebagai langkah lanjutan dalam studi diversitas bakteri adalah menentukan jenis bakteri yang menyusun struktur komunitas dalam ekosistem tersebut melalui identifikasi. Identifikasi dapat dilakukan secara molekuler berdasarkan sekuen DNA pengkode 16S rRNA. Gen ini memiliki panjang basa sekitar 1500 bp yang memudahkan menganalisis dalam menentukan hubungan filogenetik serta memiliki daerah-daerah yang bersifat konservatif dan variatif sehingga dapat digunakan untuk membedakan organisme dalam genus bahkan spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi isolat bakteri dari pantai Bandealit Jember berdasarkan sekuen DNA pengkode 16S rRNA serta untuk mengetahui hubungan filogenetiknya. Metode penelitian meliputi (1) isolasi DNA genom dilakukan dengan metode frezee and thaw. (2) Kemurnian dan stabilitas profil genom isolat dapat ditentukan dengan BOX PCR. (3) Identifikasi dilakukan dengan mensekuensing DNA hasil purifikasi produk PCR 16S rRNA. (4) Alignment sekuen DNA Pengkode 16S rRNA dari masing-masing isolat dibandingkan dengan database gen 16S rRNA menggunakan BLAST. DNA genom berhasil diisolasi yaitu adanya satu pita DNA diatas 10.000 bp DNA marker yang selanjutnya digunakan sebagai template dalam proses PCR. BOX PCR menunjukkan bahwa hanya isolat bakteri BA011109 yang memiliki profil pita DNA yang sama dengan profil pita DNA BA011109 hasil pengujian Herawati (2010). Hal ini menunjukkan kestabilan profil genetik yang mengindikasikan kemurnian isolat tersebut. Isolat BA011109 selanjutnya akan diidentifikasi dengan mengamplifikasi DNA pengkode 16S rRNA. Proses PCR DNA pengkode 16S rRNA dengan menggunakan 2 pasang primer adalah untuk mendapatkan sekuen DNA pengkode 16S rRNA secara utuh. Identifikasi DNA pengkode 16S rRNA ditentukan dengan urutan nukleotidanya melalui proses sekuensing. Proses sekuensing dilakukan dengan primer 27F, 907R, 533F, dan 1492R yang menghasilkan pembacaan antara 800-950 basa nukleotida untuk masing-masing primer. Berdasarkan hasil analisis sekuen dengan menggunakan program BLAST pada sekuen utuh hasil editing produk sekuensing DNA pengkode 16S rRNA, isolat bakteri BA011109 memiliki kedekatan dengan Microbacterium esteraromaticum yaitu dengan persentase kemiripan 99% (1424/1426). Isolat bakteri BA011109 yang diisolasi dari perairan pantai Bandealit Jember menunjukkan kesamaan morfologi koloni yaitu memiliki koloni berwarna kuning serta menunjukkan kesamaan fisiologi yaitu dapat menghidrolisis polimer karbohidrat. Sehingga diduga isolat tersebut merupakan bakteri M. esteraromaticum.