KLONING DAN KONSTRUKSI cDNA PENYANDI PROTEIN KAPSID SUGARCANE MOSAIC VIRUS (SCMV) KE DALAM VEKTOR EKSPRESI UNTUK PRODUKSI PROTEIN REKOMBINAN

Abstract

Salah satu penyakit yang menyerang tanaman tebu adalah penyakit mosaik yang disebabkan oleh Sugarcane Mosaic Virus (SCMV) (Koesmihartono,2009). Kehadiran virus ini dapat menghambat fotosintesis, merusak tanaman dan menekan tingkat produktifitas tanaman tebu hingga 0.2%-50% tergantung dari seberapa berat infeksi virus dan ketahanan varietas terhadap Sugarcane Mosaic Virus (Duriat,1979). Salah satu upaya dalam mencegah penyebaran virus tersebut terutama di lapang adalah dengan cara deteksi dini melalui uji serologi. Untuk dapat melakukan uji serologi sebagai upaya uji deteksi dini perlu diproduksi protein rekombinan salah satu caranya adalah melalui kloning (perbanyakan dalam sel bakteri) cDNA yang menyandikan protein mantel dan melakukan konstruksi ke dalam vektor ekspresi. Protein rekombinan yang dapat digunakan untuk memproduksi antigen dalam pembuatan antibodi. Tahapan yang dilakukan adalah mengisolasi materi genetik yang ada pada SCMV beerupa RNA dan mengubahnya menjadi cDNA untuk kemudian diamplifikasi menggunakan PCR dan diligasikan ke dalam vektor kloning yang akan ditransformasikan dalam E.coli XL10-gold. Hasil transformasi dilakukan sequencing dan dikonstruksikan ke dalam vektor ekspresi pET-28 a (+). Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan didapatkan klon cDNA penyandi protein kapsid berukuran ±1000 bp yang diinsertkan ke dalam vektor kloning pJET1.2 dengan hasil aligment menunjukkan adanya homologi (kesamaan) yang tinggi dengan protein kapsid sekuens ARG-345 dan ARG-130 sebesar 92%. cDNA protein kapsid SCMV berukuran ±700 pb telah berhasil dikonstruksikan ke dalam vektor ekspresi pET 28 a(+) yang memiliki sisi pemotongan enzim restriksi XhoI dan BamHI. Hasil konstruksi tersebut telah diekspresikan pada E.coli strain BL21 dan dilihat pola protein yang terbentuk menggunakan SDS-PAGE.