IDENTIFIKASI BAKTERI SIMBION-NEMATODA ENTOMOPATOGEN ISOLAT LOKAL ASAL BROMO JAWA TIMUR BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rRNA

Abstract

Nematoda dari genus Steinernema (Rhabditida: Steinernematidae) dan Heterorhabditis (Rhabditida: Heterorhabditidae) bersifat patogenik terhadap serangga sehingga menjadi jasad pengendali hayati yang prospektif. Di Indonesia NEP lokal telah banyak diisolasi dari tanah dengan cara menggunakan umpan larva seangga Galleria melonella , dan diketahui efektif terhadap berbagai serangga hama di rumah kaca ataupun lapangan. NEP mampu membunuh serangga inang dikarenakan adanya peran penting bakteri simbion yang ada di dalam saluran pencernaannya. NEP masuk ke dalam haemocoel inang, dan melepaskan bakteri simbion. Bakteri simbion berkembang biak di dalam haemolimph (cairan darah dalam haemocoel serangga), mengeluarkan senyawa entomotoksin yang menyebabkan kematian serangga. Identifikasi bakteri simbion-NEP isolat lokal berdasarkan molekuler masih belum dilakukan, oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mengidentifikasi jenis bakteri simbion-NEP isolat lokal berdasarkan sekuen DNA pengkode 16S rRNA. Sebanyak empat isolat bakteri simbion-NEP koleksi Laboratorium HPT Fakultas Pertanian Universitas Jember dari daerah Bromo Cemorolawang (CL01), Ngadas (NG01), Sapikerep (SK01), dan bakteri simbion-NEP Heterorhabditis bacteriophora (HB01) digunakan sebagai sampel. Metode yang digunakan antara lain 1) isolasi bakteri simbion, 2) isolasi DNA genom, 3) BOX PCR, 4) PCR 16S rRNA, 5) pemurnian DNA dan 6) analisis sekuen DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat-isolat bakteri simbion-NEP isolat lokal asal Bromo Jawa Timur terdapat diversitas genetik berdasarkan BOX PCR. Sedangkan hasil analisis sekuen gen pengkode 16S rRNA menunjukkan bahwa dua sekuen isolat CL01 dan SK01 merupakan bakteri simbion Providencia vermicola yang bersimbion dengan NEP jenis Steinernema thermophilum dengan presentase kemiripan 99%.