Seleksi Primer Untuk Identifikasi Keragaman Genetik Sembilan Varietas Padi (Oryza Sativa L) Menggunakan Penanda Molekuler IISR

Abstract

Padi (Oryza sativa L.) merupakan komoditas penting di Indonesia yang harus diperhatikan dan ditingkatkan kualitasnya sehingga didapatkan produktivitas yang tinggi untuk memenuhi kebutuhan beras yang terus meningkat. Peningkatan kualitas padi dapat dilakukan melalui teknik pemuliaan yang akan menghasilkan varietas unggul baru dengan keragaman genetik yang beragam. Tahap awal pemuliaan tanaman berupa seleksi. Penggunaan penanda molekuler sebagai alat bantu seleksi akan menjadi lebih efisien dibandingkan dengan seleksi morfologi karena tidak terpengaruh lingkungan. Penggunaan penanda yang sesuai dengan sampel DNA menjadi hal yang sangat penting. Salah satu jenis penanda molekuler untuk identifikasi keragaman genetik adalah ISSR. Penelitian ini dilakukan untuk menyeleksi 5 jenis penanda ISSR pada 9 varietas padi. Hasil menunjukkan penanda ISSR 15 dan UBC 825 dapat memunculkan pita dalam jumlah banyak, jelas, dan polimorfik. Penanda ISSR 15 menghasilkan 37 pita yang teramplifikasi pada ukuran 341 – 1117 bp, sedangkan UBC 825 menghasilkan 40 pita yang teramplifikasi pada ukuran 292 – 1349 bp. Baik ISSR 15 maupun UBC 825 keduanya memiliki persentase polimorfisme sebesar 100%. Kedua penanda ISSR ini dapat membentuk dendrogram yang dapat digunakan untuk analisis klaster sehingga diketahui hubungan kekerabatan antara 9 varietas padi yang digunakan. Dengan demikian, tanaman padi yang akan dijadikan sebagai induk dalam persilangan dapat dipilih melalui teknik ini.