Analisis Keragaman Genetik Dua Puluh Varietas Kedelai (Glycine max (L.) Merr.) di Indonesia Berdasarkan Marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Abstract

Kedelai merupakan komoditas pangan fungsional dengan tingkat konsumsi yang tinggi. Salah satu upaya untuk meningkatkan hasil produksi adalah perakitan dan pengembangan benih varietas unggul. Proses tersebut membutuhkan informasi tentang keanekaragaman varietas calon tetua. Informasi genetika dapat diperoleh melalui analisis secara molekuler. Analisis molekuler adalah metode yang dilakukan untuk menganalisis DNA organisme yang diteliti. Belum banyak informasi tentang pendataan keragaman genetik plasma nutfah kedelai di Indonesia dengan menggunakan marka molekuler RAPD. Oleh karena itu perlu adanya kajian tentang analisis keragaman genetik antar varietas kedelai melalui pendekatan molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi perbedaan karakter genetik dari masing-masing varietas kedelai berdasarkan analisis genetik dengan marka RAPD sebagai metode dalam pemilihan tetua baru yang memiliki karakteristik genetik yang beragam. Penelitian ini menggunakan dua puluh genotipe kedelai unggul dan lokal yang telah divalidasi oleh Badan Litbang Pertanian dan diuji menggunakan 10 primer molekuler RAPD. Berdasarkan analisis genetik dari dua puluh genotipe kedelai menunjukkan hasil yang beragam. Hal ini terlihat dari total 49 pita DNA yang diamplifikasi oleh sepuluh primer, rata-rata jumlah pita polimorfik yang terlibat adalah 4,8 per primer ( OPA 02, OPA 08, OPA 10, OPC 10, OPD 08, OPE 01, OPE 09, OPF 06, OPF 13, dan OPI 16). Hasil analisis genetik dengan menggunakan program NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System for personal computer) menghasilkan dua cluster yang dapat diklasifikasikan berdasarkan persamaan genotipe dasar turunan dari pola genetika pada genom, dimana terdapat keragaman genetik dengan keragaman genetik. jarak antar varietas. Nilai kemiripan antar klaster sebesar 0,20. Jarak genetik terdekat adalah antara varietas Gema dan Leuser dengan kemiripan 0,85. Sedangkan jarak genetik terjauh antara varietas Kemuning 1 dan Dieng dengan kemiripan yang nyata adalah 0,07.