ANALISIS PCR HASIL KLONING GEN MUTAN C169S ENZIM ALKIL HIDROPEROKSIDA REDUKTASE DARI Helicobacter pylori

Abstract

Sejak penemuan kuman Helicobacter pylori oleh Marshall dan Warren (1983), terbukti bahwa infeksi H. pylori merupakan masalah global, termasuk di Indonesia, sampai saat ini belum jelas proses penularan serta patomekanisme infeksi kuman ini pada berbagai keadaan patologis saluran cerna bagian atas (SCBA). Pada tukak peptik infeksi H. pylori merupakan faktor etiologi yang utama sedangkan untuk kanker lambung termasuk karsinogen tipe I yang definitif. Prevalensi infeksi H. pylori di negara berkembang lebih tinggi dibandingkan dengan negara maju. Infeksi H. pylori melibatkan adesi sampai kolonisasi lapisan mukosa saluran cerna dan pengaktifan sistem imun dan respon inflamasi gaster, termasuk pelepasan reactive oxygen species (ROS) dari makrofag dan lekosit PMN (Olczak et al., 2002; Serbaum dan Michetti, 2002; Petersen dan Krogfelt, 2003). Untuk dapat bertahan dengan stres oksidatif ini H. pylori ini mengandalkan berbagai sistem proteksi enzimatik, termasuk thioredoxin-dependent alkyl hydroperoxide reductase (AhpC), katalase dan superoksida dismutase (Olczak et al., 2002; Comtois et al., 2003). Pada penelitian ini akan dilakukan tahap awal dari rangkaian ekspresi, pemurnian dan pengkristalan protein HpAhpC wild type dan mutannya, yaitu kloning gen mutan C169S enzim Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Universitas Jember. Waktu pelaksanaannya adalah pada bulan Juli sampai dengan Oktober 2009. Tahap awal penelitian ini bertujuan untuk membuat benih hasil mutasi. Setelah pembenihan, DNA Escherichia coli XL 1 Blue mutatif akan diisolasi. Selanjutnya DNA tersebut diukur konsentrasinya untuk kemudian diamplifikasi menggunakan metode PCR (polymerase chain reaction). Data yang diperoleh dari penelitian ini dicatat dalam buku catatan harian (lock book) dan direkam dalam komputer. Data disajikan dalam bentuk plasmid DNA yang telah berhasil diisolasi, pengukuran konsentrasi DNA yang telah berhasil diisolasi, serta foto hasil elektroforesis. Hasil analisis PCR menunjukkan 2 konsentrasi DNA yang dicobakan yaitu 2 ng/µl dan 100 ng/µl tidak ditemukan adanya pita plasmid DNA target. Hal ini dapat disebabkan oleh primer yang dicobakan tidak homologi dengan templatenya atau perlu adanya optimasi PCR sehingga DNA primer bisa homologi dengan templatenya melalui perubahan suhu annealingnya. Oleh karena itu, perlu dilakukan optimasi untuk menentukan suhu annealing yang tepat pada proses PCR (Polymerase Chain Reaction) sehingga bisa diperoleh pita tunggal DNA sebagai target. HpAhpC dengan menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis hasil kloning gen mutan C169S enzim alkil hidroperoksida reduktase dari H. pylori dengan menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Manfaat penelitian ini adalah memberikan informasi baru mengenai gen mutan C169S enzim alkil hidroperoksida reduktase dari H. pylori (HpAhpC) dan mendorong diadakannya penelitian lebih lanjut.