Diversitas Isolat Bakteri Asal Perairan Pantai Bandealit Jember Berdasarkan BOX-PCR dan BIOLOG GN2 Microplate

Abstract

Perairan merupakan tempat hidup berbagai macam organisme yang di dalamnya terjadi interaksi antara organisme tersebut dengan lingkungannya. Perairan juga merupakan tempat pembuangan limbah terakhir yang berasal dari limbah rumah tangga maupun limbah pertanian, dengan komposisi utama limbah tersebut merupakan materi organik. Bakteri merupakan mikroorganisme yang memegang peranan kunci dalam proses bioremediasi perairan melalui aktivitas dekomposisi. Aktivitas dekomposisi tersebut sangat berkaitan dengan jenis bakteri yang menyusun komunitas perairan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari diversitas berbasis molekuler serta potensi aktivitas hidrolitik terhadap substrat organik (metabolic fingerprint) isolat-isolat bakteri pilihan dari perairan pantai Bandealit Jember. Metode penelitian meliputi isolasi bakteri dari sampel air perairan pantai Bandealit Jember. 10 isolat bakteri terpilih dikarakterisasi berdasarkan profil genetik berdasarkan BOX-PCR dengan menggunakan primer BOX-A1R (5’- CTACGGCAAGGCGACGCTGACG-3’). 5 isolat dipilih untuk diuji aktivitas hidrolitiknya berdasarkan hasil Metabolic Fingerprint pada BIOLOG GN2 Microplate. Sebanyak 120 isolat telah berhasil diisolasi dan 60 diantaranya telah dimurnikan dengan cara membuat koloni tunggal. Sebanyak 10 isolat bakteri telah berhasil dikarakterisasi morfologi sel dan koloninya serta profil genetiknya berdasarkan BOX-PCR menggunakan primer BOXA1R. Ke-10 isolat bakteri tersebut memiliki profil genetik yang berbeda, hal ini mengindikasikan bahwa spesiesnya berbeda dan adanya diversitas bakteri berdasarkan profil genetiknya. 5 diantaranya dipilih untuk diuji aktivitas hidrolitiknya dalam merespirasi substrat organik pada BIOLOG GN2 Microplate yaitu isolat bakteri BA 011109 dominan menggunakan dimer karbohidrat, BA 041109 mampu menggunakan karbohidrat, protein, dan lemak. Isolat BA 061109 dominan ix menggunakan karbohidrat, BA 091109 hanya mampu menggunakan substrat -D-Glucose, sukrosa, dextrin dan D-alanin, dan pada BA 041109* mampu memanfaatkan substrat lebih banyak yaitu mencakup karbohidrat, protein, dan lemak/ester dan alkohol. Hasil penelitian ini menemukan isolat bakteri yang memiliki morfologi sel yang sama dapat berbeda profil genetiknya. Perbedaan profil genetik isolat bakteri tersebut ternyata berbeda juga dalam hal pemanfaatan substrat organik. 3 isolat yang telah diuji megindikasikan adanya potensi aktivitas selulolitik karena kemampuannya dalam memanfaatkan D-cellobiose yang merupakan dimer dari -glukosida. Hal ini mengindikasikan kemampuan isolat bakteri tersebut dalam menghasilkan enzim selulase yang dapat memecah selulosa yang merupakan komponen utama limbah pertanian, sehingga berpotensi sebagai agen bioremediasi perairan. Isolat bakteri yang memiliki morfologi sel yang sama ternyata memiliki profil genetik yang berbeda, akan tetapi memiliki beberapa kesamaan dan/atau perbedaan dalam memanfaatkan substrat organik dalam ”metabolic fingerprint”.