Evaluasi Lokus Potensial matK dan ITS2 untuk DNA Barcoding Anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl.

Abstract

Bulbophyllum lobbii Lindl. merupakan salah satu anggrek dari famili Orchidaceae yang memiliki nilai estetika dan berpotensi sebagai bahan baku obat. Anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl. atau dikenal dengan anggrek lidah bergoyang tumbuh di Indonesia khususnya Jawa, Sumatera dan Kalimantan. Pemanfaatan anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl. sebagai tanaman obat herbal telah dimanfaatkan oleh masyarakat Thailand untuk pengobatan luka bakar dengan menggunakan organ daunnya. Namun, di Indonesia anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl. belum diketahui pemanfaatannya sebagai obat. Proses identifikasi morfologi terbatas hanya pada organ vegetatif (akar, batang dan daun). Selain itu, bunga sebagai organ generatif di alam sulit didapatkan sehingga menghambat proses identifikasi morfologi. Oleh karena itu, untuk mengatasi keterbatasan dalam proses identifikasi morfologi perlu adanya alternatif melalui pendekatan molekuler dengan teknik DNA Barcoding. DNA barcoding merupakan alternatif untuk proses identifikasi spesies secara molekuler yang menggunakan sekuen pendek sebagai penanda molekuler (barcode) melalui studi taksonomi dengan pengkodean DNA standar. Penanda molekuler (barcode) untuk tumbuhan yang digunakan dalam penelitian ini sesuai rekomendasi dari The Consortium fot the Barcode of Life (CBOL) yaitu matK dan ITS2. Penanda molekuler matK berasal dari DNA kloroplas dan ITS2 berasal dari DNA nuklear. Informasi data sekuen kedua barcode tersebut masih terbatas yang teridentifikasi berdasarkan pencarian dalam database Genebank National Center for Biotechnology Information (NCBI). DNA sampel anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl. dalam penelitian diisolasi menggunakan metode Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB), kemudian hasil isolasi DNA diamplifikasi menggunakan mesin PCR dengan kondisi yang ditetapkan dan dilanjutkan proses elektroforesis. Reaksi proses PCR menghasilkan amplikon masing-masing ± 500 bp untuk sekuen matK dan ± 500-600 untuk sekuen ITS2 yang kemudian dibaca urutan sekuen DNA melalui teknik sekuensing menggunakan jasa 1st Base, Singapura. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan software BioEdit dengan panjang sekuen (Query Length) 383 bp untuk sekuen matK dan 497 untuk sekuen ITS2. Sekuen B. lobbii kemudian dianalisis menggunakan program BLAST pada NCBI untuk mendapatkam 5 spesies tertinggi. Hasil pensejajaran (alignment) selanjutnya dianalisis menggunakan software ClustalX 2.1 dan dilanjutkan dengan konstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGAX untuk mengetahui hubungan kekerabatan sampel yang digunakan. Hasil menunjukkan bahwa B. lobbii sekuen matK memiliki tingkat homologi tertinggi dengan 2 spesies B. lobbii (KY966747.1 dan KY966691.1) yang diteliti di China dengan nilai Per. Ident sebesar 99,20%. Bulbophyllum lobbii sekuen ITS2 memiliki tingkat homologi tertinggi yang ditunjukkan pada nilai Per. Ident sebesar 99,76% dengan B. lobbii (MG253848.1) yang berasal dari Polandia. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik sekuen matK menunjukkan sampel B. lobbii monofiletik dengan B. lobbii yang berasal dari China dengan nilai boostrap sebesar 54. Sedangkan, sekuen ITS2 menunjukkan bahwa sampel B. lobbii yang digunakan monofiletik dengan B. lobbii (MG253848.1 dan KY966457.1) dengan nilai bootstrap sebesar 32 dan Bulbophyllum polystictum (MH822441.1) dengan nilai boostrap sebesar 54 dan 95. Perbedaan basa sekuan ITS2 dari hasil pensejajaran (alignment) jika dibandingkan dengan basa dari sekuen matK memiliki jumlah yang paling besar dan banyak yaitu 32. Sehingga, sekuen ITS2 memiliki tingkat variasi interspesifik yang tinggi dan sekuen ITS2 dapat membedakan sampai tingkat genus dan spesies. Berdasarkan hal tersebut, sekuen ITS2 dapat direkomendasikan sebagai penanda molekuler (barcode) yang efektif dan cocok untuk identifikasi spesies anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl.. Namun, sekuen matK perlu dilakukan evaluasi kembali sebagai indikator dalam proses identifikasi anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl..