Determinasi Molekular Bakteri Ralstonia solanacearum dan Karakterisasi Bakteriofag DT3A

Abstract

Bakteri patogen Ralstonia solanacearum adalah penyebab penyakit layu bakteri, penyakit dikategorikan sebagai penyakit bakteri paling merusak dikarenakan kisaran inang yang sangat luas dan menyebabkan kehilangan produksi yang besar. Deteksi dan identifikasi yang cepat dan akurat menjadi penentu didalam upaya pencegahan dan pengendalian penyakit ini. Salah satu metode yang dapat dimanfaatkan untuk hal itu adalah penggunaan metode PCR (PoIytnerase Chain Reaction). Upaya-upaya pengendalian penyakit ini seperti penggunaan varietas tahan dan penggunaan pestisida kimia belum memberikan hasil yang optimal. Disisi lain pengendalian penyakit berbasis biologi dengan keunggulannya seperti ramah lingkungan dan kefektifannya yang berkelanjutan telah banyak diteliti seperti salah satunya adalah pemanfaatan bakteriophage (phage therapy) yaitu virus yang mempunyai kespesifikan didalam menginfeksi bakteri inang. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mendeterminasi isolat bakteri R. solanacearum yang diisolasi dari 4 tanaman Solanaceae seperti tomat, cabal, terong dan tembakau. Tanarnan- tersebut berasal dari 4 Kabupaten di Jawa Timur yaitu Jember, Bondowoso, Situbondo dan Banyuwangi yang selanjutnya dilakukan pengujian kisaran inang menggunakan bakteriofag DT3A.

Sebanyak 24 isolat yang berhasil diisolasi dilakukan identifikasi menggunakan metode PCR dengan primer fliC, yaitu primer spesifik mengkode flagellar dari subunit protein flagellin dengan panjang target 400 bp, hal ini menunjukkan bahwa ke 24 isolat merupakan bakteri R. solanacearum. Selanjutnya determinasi dilanjutkan menggunakan primer primer phyIlo 1F dan sekuen target teramplifikasi sepanjang 144 by hal ini menunjukkan bahwa ke 24 isolat merupakan bakteri R. solanacearum phyllotipe I yang berasal dan tersebar di kawasan benua Asia. Metode multiplex PCR menggunakan 2 primer yaitu primer RsSC panjang target 296 bp dan Primer RsSA dengan panjang target 132 bp, sebanyak 24 isolat menujukkan teramplifikasinya pita DNA pada ukuran 296 bp hal ini menunjukkan bahwa ke 24 isolat merupakan R. solanacearum spesies complex (RsSC) sedangkan untuk target primer sepanjang 132 bp tidak muncul mengindikasikan ke 24 isolat bukan merupakan R. solanacearum Ras 3 Biovar 2 (select agent) hal ini dikuatkan dengan hasil pengujian hipersensitif respon yang menunjukkan ke 24 isolat tersebut menyebabkan gejala nekrotik coklat kehitaman disertai halo pada 36 jam setelah infiltrasi yang merupakan ciri dari Ras 1.

Analisa genom bakteriofag DT3A menggunakan 5 enzim restriksi yaitu DNAse I, RNAse A, Exonuclease I, SI nuclease dan XhoI memberikan informasi bahwa jenis asam nukleat DT3A merupakan DNA untai ganda (double stranded DNA). Pengujian kisaran inang yang menggunakan metode pendekatan spot test menunjukkan bahwa bakteriofag DT3A mampu menyebabkan lisis yang ditandai dengan muculnya plaque 18 dari 24 isolat dengan keterangan plaque bening berjumlah 10, 8 isolat menunjukkan plaque keruh dan 6 isolat sisanya tidak menunjukkan adanya plaque.