KEMAMPUAN INTERAKSI 3D TURUNAN ZERUMBON DENGAN PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE 1B (PTP1B)

Abstract

Penghambatan enzim protein tirosin fosfatase 1B (PTP1B) menghasilkan sensitisasi fungsi signalling dan proteksi pada insulin terhadap diet yang diinduksi obesitas. Docking molekular dapat menampakkan pendekatan posisi, orientasi dan konformasi 3D suatu ligan yang terikat dengan reseptor target. Penelitian telah dilakukan menggunakan perangkat lunak Marvin Beans Suite, Chimera, DOCK6, PyMOL dan Protein Ligand Interaction Profiler (PLIP) pada OS Linux. Docking molekular melibatkan 117 protein target dari PTP1B dan 3 ligan uji yang merupakan turunan poli-hidroksil zerumbon. Hasil yang diperoleh menunjukkan adanya 4 interaksi ligan-protein (1ECV, 1T48, 2F6W and 2F6Y) yang memberikan skor grid yang lebih baik dibandingkan dengan ligan native menggunakan metode fleksibel. Subtitusi gugus metil pada zerumbon dengan gugus polar meningkatkan affinitas ikatan dengan protein target. Semua ligan uji memiliki skor grid lebih rendah dibandingkan dengan ligan native untuk protein 2F6W dan 2F6Y. Terdapat 2 ligan (ZERPH04 and ZERPH05) yang mempunyai affinitas lebih baik pada 1T48, sedangkan hanya ada 1 ligan (ZERPH05) yang memberikan skor grid lebih kuat dibandingkan dengan ligan native setelah dilakukan docking.