Karakterisasi Isolat Xanthomonas oryzae pv. oryzae yang Menyerang Tanaman Padi di Kabupaten Jember Menggunakan Teknik RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Abstract

Padi merupakan komoditas yang sangat penting karena menjadi bahan makanan pokok penduduk Indonesia. Oleh karena itu produksi padi harus selalu meningkat dan berkesinambungan. Upaya peningkatan produksi padi nasional dihadapkan pada berbagai permasalahan salah satunya adanya penyakit penting pada tanaman padi yaitu hawar daun bakteri. Hawar daun bakteri disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae yang memiliki kemampuan tinggi dalam membentuk strain baru di lapang. Munculnya strain baru memerlukan teknik diagnosis yang erat kaitannya dengan deteksi dan identifikasi. Seiring dengan perkembangan teknologi dalam bidang mikrobiologi, berbagai teknik identifikasi dan deteksi telah dikembangkan mengenai analisis genetik dan identifikasi molekular isolat X. oryzae pv. oryzae melalui teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Sampel diambil dari 5 kecamatan dengan 5 varietas yang berbeda, yaitu Rambipuji dengan varietas Wayapuburu, Arjasa dengan varietas Situbagendit, Tempurejo dengan varietas pandanwangi, Tanggul dengan varietas Ciherang dan Puger dengan varietas Cibogo. Metode pertama yaitu penghitungan intensitas serangan pada masing- masing sampel, kemudian bakteri diisolasi dari daun yang bergejala hawar daun bakteri dan ditumbuhkan pada media Yeast Dextrose Agar. Setelah itu dilakukan pengujian Gram bakteri dan uji hdrolisis pati, kemudian dianalisis menggunakan teknik RAPD untuk mengetahui keragaman genetik masing- masing isolat. Hasil pengamatan intensitas serangan pada masing-masing sampel menunjukkan bahwa besarnya intensitas serangan dipengaruhi oleh beberapa faktor diantaranya lokasi pengambilan sampel, tingkat ketahanan suatu varietas padi dan usia tanaman padi. Masing- masing isolat menunjukkan ciri koloni berwarna kuning, bulat, cembung dan berlendir, uji Gram negatif, serta tidak menghidrolisis pati. Hasil analisis menggunakan RAPD menunjukkan kelima isolat merupakan isolat yang berbeda secara genetik, dilanjut dengan penghitungan menggunakan Metode Jaccard dan pembuatan Phenogram similarity yang menunjukkan kelima isolat terbagi menjadi 3 kelompok yang berbeda secara genetik, Kelompok A yaitu isolat dari Rambipuji dan tempurejo, Kelompok B yaitu Arjasa dan Puger, serta Kelompok C yaitu Tanggul.