KARAKTERISASI Ralstonia solanacearum PADA TANAMAN PISANG DI KABUPATEN LUMAJANG MENGGUNAKAN TEKNIK Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)

Abstract

Penyakit layu bakteri (blood disease bacterium) yang disebabkan oleh Ralstonia solanacearum merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman pisang di Indonesia, khususnya di Kabupaten Lumajang. Patogen ini memiliki variabilitas genetik yang luas dan kemampuannya untuk beradaptasi dengan lingkungan setempat, sehingga di alam dijumpai berbagai strain R. solanacearum. Munculnya strain baru memerlukan teknik diagnosis yang erat kaitannya dengan deteksi dan identifikasi. Seiring dengan perkembangan teknologi dalam bidang mikrobiologi, salah satu teknik identifikasi patogen R. solanacearum yang telah dikembangkan yaitu teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Karakterisasi R. solanacearum pada tanaman pisang di Kabupaten Lumajang menggunakan teknik RAPD dilakukan dengan menggunakan 3 Oligonukleotida (Primer). Amplifikasi dilakukan pada kondisi 2 menit Pre-Denaturasi pada suhu 94⁰C, dan dilanjutkan dengan 35 siklus Denaturasi pada suhu 94⁰C selama 20 detik, Anealing pada suhu 30⁰C selama 45 detik dan Elongasi pada suhu 72⁰C selama 1 menit. Pada akhir reaksi, dilakukan Elongasi akhir pada suhu 72⁰C selama 3 menit. Setelah terlihat amplifikasi DNA dengan munculnya keragaman pita (band) pada gel agarose 1,5%, dilakukan perhitungan untuk mengetahui matriks dengan metode Jaccard Pola marka molekuler bakteri R. solanacearum di Kabupaten Lumajang bersifat polimorfisme dengan persentase 71%. Berdasarkan hasil RAPD, terdapat 4 kelompok grup berbeda pada isolat bakteri R. solanacearum di Kabupaten Lumajang. Karakteririsasi R. solanacearum menggunakan teknik RAPD, masih perlu adanya faktor pendukung lain seperti uji ras dan biovar untuk dapat mengkarakterisasi sampai tahap strain.