Analisis Keanekaragaman Genetik Beberapa Varietas Kedelai (Glicyne max L. Merril) dengan Marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Abstract

Indonesia banyak menyimpan materi genetik yang menjadi bagian terpenting dalam menjaga kelestarian suatu spesies, salah satunya adalah komoditas kedelai. Informasi genetik tanaman kedelai yang dikembangkan saat ini masih terbilang sedikit dieksplorasi menggunakan analisis molekuler karena kebanyakan dilakukan analisis secara morfologi. Oleh karena itu, dilakukan penelitian analisis kekerabatan kedelai menggunakan pendanda molekuler, salah satunya marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Teknik RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan salah satu metode analisis DNA genom cara melihat pola pita DNA yang dihasilkan setelah DNA genom diamplifikasi menggunakan primer tunggal acak sepanjang 10 basa. Penelitian ini menggunakan 20 varietas kedelai dengan 10 primer RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Adapun variabel pengamatannya adalah karakter filogenetik yang diamati berdasarkan dendogram. Data dianalisis berdasarkan hasil visualisasi DNA yang didasarkan pada ada atau tidaknya pita DNA. Analisis kelompok dilakukan menggunakan program NTSYS PC dengan fungsi SIMQUAL. Hasil analisis karakter filogenetik 20 varietas kedelai yang diwujudkan dalam bentuk dendogram terbagi atas 3 kelompok besar. Jarak genetik terjauh didapatkan oleh varietas Dering-2 dan Tampomas dengan nilai kemiripan 0,27. Artinya dua varietas tersebut memiliki nilai kekerabatan jauh karena memiliki nilai koefisien dibawah 60%. Sedangkan jarak genetik terdekat ialah varietas Kipas Putih dan Derap-1 serta Varietas Derek dan Tidar dengan nilai kemiripan mencapai 0,86 dimana nilai koefisien genetiknya diatas 60% sehingga 2 varietas tersebut berkerabat sangat dekat.