Studi In Silico Penghambatan Protein RNA-Dependent RNA Polymerase SARS-CoV-2 oleh Senyawa Fenolik untuk Pengembangan Obat Covid-1

Abstract

Pada akhir tahun 2019, muncul penyakit baru dengan diagnosis awal pneumonia yang tidak diketahui penyebabnya di Wuhan, provinsi Hubei, China. Kemudian pada tahun 2020, WHO mengumumkan penyakit yang menyerang saluran pernapasan tersebut dengan nama Corona Virus Disease-2019 (Covid-19). Covid-19 yang telah menyebar keseluruh dunia kemudian dikategorikan sebagai pandemic oleh WHO. Covid-19 disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Asal mula virus dan pembawanya masih belum diketahui, namun berdasarkan studi-studi sebelumnya yang berkaitan dengan SARS-CoV dan MERS-CoV diketahui virus ini berasal dari kelelawar. Gejala infeksi Covid-19 muncul tepat setelah 5,2 hari masa inkubasi. Waktu onset gejala Covid-19 hingga mati berkisar 6 sampai 41 hari dengan median 14 hari. Periode tersebut bergantung pada umur pasien dan sistem imun pasien. Gejala Covid-19 yang umumnya muncul antara lain demam, batuk, dan kelelahan, gejala lain yang muncul adalah produksi sputum, sakit kepala, hemoptisis, diare, dispnea, limfopenia, dan anosmia. SARS-CoV-2 merupakan bagian dari Betacoronavirus dari family Coronaviridae. SARS-CoV-2 terdiri dari 4 protein struktural Coronavirus akan mengalami sintesis dengan bantuan katalis RNA-dependent RNA polymerase dan virus akan mengalami eksositosis. RdRp atau NSP12 menjadi target yang menjanjikan dalam pengembangan inhibitor virus dan pembuatan obat SARSCoV- 2. Beberapa penelitian yang dilakukan menunjukkan beberapa kandidat obat yang dapat digunakan dalam terapi Covid-19 diantaranya Remdesivir (RDV), Favipiravir (FPV), Ribavirin, Galidesivir, dan Sovosbufir. Obat-obat tersebut dapat menghambat sintesis coronavirus dengan RNA-dependent RNApolymerase. Senyawa fenolik yang diketahui memiliki aktivitas antiviral menjadi salah satu kandidat dalam pengembangan obat Covid-19. Dari beberapa penelitian, senyawa fenolik disebut memiliki pengaruh terhadap proses replikasi virus. In silico merupakan salah satu metode komputasional virtual screening. Virtual screening merupakan alat bantu untuk memudahkan para peneliti dalam pencarian kandidat obat baru dengan menggunakan metode penambatan molekuler. Perangkat lunak yang dapat digunakan untuk metode in silico yaitu, PyRx® dan BIOVIA Discovery Studio Visualisizer®. Penambatan molekuler dilakukan antara senyawa fenolik sebagai ligan uji dengan protein RdRp ID PDB 6M71 dengan pembanding remdesivir. Pemilihan protein 6M71 didasarkan atas strukturnya yang masih utuh belum mengalami mutasi dan modifikasi untuk melihat variasi pengikatan dengan metode blind docking. Senyawa fenolik sebagai ligan uji dicari menggunakan mesin pencari, dan didapatkan 28 senyawa uji.