MT-Biotechnology
https://repository.unej.ac.id/xmlui/handle/123456789/106800
Koleksi Tesis Bioteknologi Pascasarjana2024-03-29T15:15:28ZDesain Dan Konstruksi Guide Rna (Grna) pada Sistem Crispr/cas9 Berbasis Sekuens Gen Xa13 dari Beberapa Varietas Padi (Oryza Sativa)
https://repository.unej.ac.id/xmlui/handle/123456789/115176
Desain Dan Konstruksi Guide Rna (Grna) pada Sistem Crispr/cas9 Berbasis Sekuens Gen Xa13 dari Beberapa Varietas Padi (Oryza Sativa)
HARDIYANI, Wulan Arum
Gen xa13 merupakan gen resistensi resesif terhadap Xanthomonas oryzae pv.
oryzae (Xoo) ditemukan pada beberapa varietas padi. Aktivasi gen ini
menyebabkan kerentanan ketahanan padi terhadap serangan Xoo karena memicu
terbentuknya sukrosa sebagai suplai nutrisi bagi Xoo untuk pertumbuhan dan
perkembangannya di dalam tanaman. Gangguan dan penghambatan ekspresi gen
resesif pada tanaman dapat memengaruhi dampak negatif gen, dan baru-baru ini
dapat dibuat dengan pengeditan genom seperti sistem pengulangan palindromik
pendek (CRISPR) interspaced regular interspaced menggunakan CRISPRassociated protein-9 (CRISPR /Cas9) teknologi. Salah satu kunci keberhasilan
dalam teknik ini adalah adanya guide RNA (gRNA) yang mudah diadaptasi dan
dapat menyasar sekuens tertentu dalam genom sekaligus dirancang secara akurat.
Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan menyediakan informasi molekuler
dari gen xa13 penargetan gRNA dari Xoo menggunakan beberapa alat
bioinformatika. basis data GenBank, National Center for Biotechnology
Information (NCBI), digunakan untuk mengambil data sekuens gen xa13 dari
beberapa varietas padi. Clustal Omega digunakan untuk menentukan daerah
konservasi gen xa13 pada kedua varietas dalam kelompok Japonica dan Indica.
Selain itu, CHOPCHOP digunakan untuk menghasilkan kandidat gRNA sesuai
dengan urutan gen target. Studi bioinformatika menunjukkan bahwa gen xa13
yang ditemukan pada padi kelompok japonica dan indica memiliki lima ekson
dalam urutan genomik 2.251 bp pada kromosom 8 yang mengandung domain PQloop. Menggunakan perangkat lunak CHOPCHOP, sekitar 5 kandidat xa13
bertarget gRNA telah dipilih berdasarkan data bioinformatika mereka. Setiap
kandidat gRNA terdiri dari 20 nukleotida (nt) dari urutan target diikuti oleh 3 nt
dari urutan motif berdekatan protospacer (PAM) dalam urutan (5 ' -NGG) yang
menargetkan setiap ekson gen xa13. Sekitar tiga jenis PAM akan ditargetkan
DIGITAL REPOSITORY UNIVERSITAS JEMBER
DIGITAL REPOSITORY UNIVERSITAS JEMBERix
termasuk PAM urutan TGG yang menargetkan ekson 1, PAM urutan AGG yang
menargetkan ekson 2, dengan efisiensi 52,51% dan 44,63%. Hasil juga
menunjukkan bahwa kelima kandidat gRNA tidak memiliki mismatch yang
signifikan dengan nilai ≤1 pada keempat kemungkinan mismatch. Data juga
menunjukkan bahwa kandungan GC dari semua kandidat gRNA berkisar antara
55-70%. Konfirmasi menggunakan enzim digesti BsaI menunjukkan bahwa
pRGEB32-ori menghasilkan pita tunggal jika dibandingkan dengan vektor:insert yang
sudah terligasi yang membentuk dua band sama dengan vektor pRGEB32 sebelum
dipotong. Hal ini mengindikasikan bahwa gRNA sudah menempel pada vektor
2023-01-18T00:00:00ZPengembangan Yeast Indigenus Tapai Sebagai Probiotik Generasi Lanjut
https://repository.unej.ac.id/xmlui/handle/123456789/114542
Pengembangan Yeast Indigenus Tapai Sebagai Probiotik Generasi Lanjut
WAHYUNI, Ika
Tapai adalah makanan hasil fermentasi tradisional berbahan dasar singkong yang memiliki rasa manis, berbau asam dan pengolahannya menggunakan ragi sebagai kultur starter. Makanan fermentasi Indonesia umumnya masih diproduksi secara tradisional, termasuk produk tapai. Yeast indigenus yang terdapat pada tapai hasil fermentasi secara tradisional, diharapkan memiliki manfaat bagi kesehatan salah satunya sebagai kandidat probiotik. Studi tentang probiotik banyak didominasi oleh bakteri asam laktat, namun kajian tentang yeast sebagai kandidat probiotik saat ini juga dikembangkan untuk manfaatnya di masa depan. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengkaji potensi isolat yeast indigenus tapai dalam peranannya sebagai kandidat probiotik, dan mengevaluasi sifat fungsional tapai berprobiotik sebagai modulator kesehatan mikroflora secara in vitro. Isolasi dan identifikasi yeast indigenus didapatkan dari empat brand tapai favorit yang terdiri dari dua tapai Jember (tapai Sari Madu, tapai Sumber Madu) dan dua tapai Bondowoso (tapai Handayani 82, tapai Manis Bondowoso). Pertama, dilakukan skrining yeast indigenus tapai terhadap ketahanan pada artifisial asam lambung pH 2 dengan interval waktu 0-2 jam. Yeast indigenus hasil skrining selanjutnya diidentifikasi karakteristik fenotip dan genotip. Identitas spesies yeast yang diperoleh dari identifikasi secara molekuler, lalu diformulasikan sebagai starter berprobiotik untuk produk tapai. Pengujian selanjutnya yaitu evaluasi mutu tapai secara fisik, kimia, sensori dan analisis resistensi probiotik secara in vitro pada feses relawan.
Hasil penelitian menunjukkan terdapat dua isolat yeast probiotik yang telah banyak diidentifikasi dan berpotensi sebagai probiotik di bidang bioteknologi yaitu P. kudriavzevii dan K. ohmeri. Kedua yeast ini kemudian dilakukan formulasi starter untuk dievaluasi karakteristik fisik, kimia dan sensoris pada tapai berprobiotik. Penerimaan tapai berprobiotik dari 27 panelis dapat dikategorikan diterima cukup baik, dengan nilai organoleptik tertinggi yaitu sampel F6 (NKL+ K. ohmeri 1%). Selama proses fermentasi tapai berprobiotik, terjadi penurunan pH dengan rentang nilai berkisar antara 4,60-5,00, penurunan gula reduksi 18,48-28,05% dan peningkatan nilai kadar alkohol 1,37-2,81 % seiring dengan bertambahnya konsentrasi starter. Nilai tekstur 9,87-11,33 g/mm dan total padatan terlarut tapai juga mengalami penurunan 2,33-4,33 oBrix, sedangkan nilai L*, a*, b*, oHue dan chroma dipengaruhi oleh kandungan karotenoid pada tapai. Peningkatan populasi yeast hasil pengujian resistensi probiotik secara in vitro sebesar 13,06-23,25%, penurunan populasi BAL sebesar 15,02-27,62% dan penurunan populasi bakteri enterik sebesar 0,54-2,53%. Nilai IP tapai berprobiotik dengan penambahan yeast P. kudriavzevii dan K. ohmeri adalah 0,24-0,40. Penambahan kedua yeast tersebut telah dibuktikan memiliki banyak manfaat di bidang pangan fermentasi dan bioteknologi, terkhusus peranannya sebagai yeast probiotik. Produk tapai berprobiotik pada penelitian ini dapat dikembangkan untuk menghasilkan pangan fermentasi probiotik sebagai makanan fungsional yang baik untuk kesehatan mikroflora tubuh.
Finalisasi unggah file repositori tanggal 6 April 2023_Kurnadi
2022-04-20T00:00:00ZAnalisis Erosi dan Sedimen untuk Arahan Konservasi di Sub-Sub Das Kasmaran Das Bedadung
https://repository.unej.ac.id/xmlui/handle/123456789/113327
Analisis Erosi dan Sedimen untuk Arahan Konservasi di Sub-Sub Das Kasmaran Das Bedadung
TASLIM, Rhoshandhayani Koesiyanto
Sub-Sub DAS Kasmaran yang merupakan bagian dari Sub-DAS Rembangan
DAS Bedadung kerapkali mengalami kejadian tanah longsor dan banjir. yang
berdampak pada kehidupan masyarakat dan lingkungan. Selain erosi, jumlah
sedimen yang berlebihan juga berdampak pada kinerja DAS karena dapat
menyebabkan pendangkalan sungai. Penelitian dilaksanakan pada bulan November
2019 sampai Juni 2020 di Sub-Sub DAS Kasmaran DAS Bedadung yang secara
administratif berada di Desa Semenggu, Mojan dan Perbal Kelurahan Bintoro
Kecamatan Patrang Kabupaten Jember. Data yang dibutuhkan adalah peta DEM, peta
tutupan lahan, peta jenis tanah, peta kemiringan lahan, dan data klimatologi.
Kemudian data diolah dengan menerapkan model SWAT (Soil Water Assesment
Tool). Selain itu dilakukan wawancara kepada 41 responden serta observasi langsung
untuk dapat menentukan arahan konservasi secara tepat.
Berdasarkan hasil deliniasi DAS menggunakan model SWAT didapatkan
data bahwa Sub-Sub DAS Kasmaran terdiri atas 9 sub-basin dan 125 HRU. Berada
di kaki Gunung Argopuro dengan kelas kemiringan 25-40% dan didominasi jenis
tanah latosol coklat kemerahan. DAS dengan luas 343,57 ha ini didominasi oleh
tutupan lahan berupa hutan sebanyak 74%. Berada pada ketinggian ketinggian
175,23–580,98 m dpl, distribusi curah hujan harian bervariasi antara 1-125 mm
dengan rata-rata hujan harian 12,85 mm. Jumlah penduduk di Sub-Sub DAS
Kasmaran diperkirakan terdapat 472 KK.
Laju erosi di Sub-Sub DAS Kasmaran adalah 12,43 ton/ha/tahun yang
tergolong TBE sangat ringan. Prediksi jumlah erosi yang terjadi di seluruh wilayah
Sub-Sub DAS Kasmaran Erosi adalah 4.270,57 ton/tahun. Sub-basin dengan laju
erosi terberat berada di sub-basin 9 dengan rata-rata laju erosi 33,95 ton/ha/tahun.
Terdapat 90 HRU dengan TBE sangat ringan, 28 HRU dengan TBE ringan dan 7
HRU dengan TBE sedang. 7 HRU dengan TBE sedang atau yang memiliki nilai laju erosi tertinggi berada pada Sub-basin 9 yang kemiringan lerengnya 11%-47% dengan
jenis tanah regosol kelabu yang digunakan untuk permukiman, sawah, pertanian
lahan kering dan hutan.
Erosi yang berada di Sub-Sub DAS Kasmaran membawa partikel-partikel
tanah ke dalam saluran sehingga terdapat sejumlah sedimen. Jumlah muatan sedimen
di Sub-Sub DAS Kasmaran adalah 68,8 ton. Muatan sedimen dengan jumlah
terbanyak berada di Sub-basin 9 yang merupakan hilir Sub-Sub DAS Kasmaran. Di
wilayah yang merupakan outlet DAS ini ditemukan fakta bahwa di bagian kanan kiri
sungai tidak ada penghalang/plengsengan.
Arahan konservasi dilakukan terhadap HRU dengan TBE untuk mengurangi
laju erosi dan jumlah sedimen yang masuk ke sungai. Untuk HRU dengan tutupan
lahan tanaman hutan, perlu tindakan konservasi vegetatif seperti mengganti tanaman
sengon yang berada di tepi lahan dengan bambu. HRU dengan tutupan lahan
permukiman perlu menutup teras depan rumah dengan rumput-rumput seperti
tanaman rumput gajah mini, rumput peking, rumput teki dan sebagainya. Konservasi
untuk HRU dengan tutupan lahan sawah dapat dilakukan dengan membuat pagar
hidup seperti beluntas, kejibeling, secang dan sebagainya. Untuk HRU dengan
tutupan pertanian lahan kering, perlu menanam tanaman keras di tepi lahan seperti
pohon kelapa, mahoni, gamal, dan sebagainya serta perlu penanaman rumput yang
ditanam di pematang sawah. Tindakan konservasi untuk mengurangi jumlah sedimen
yang masuk ke saluran di sub-basin 9 dapat dilakukan dengan cara membuat
plengsengan dan menanam bambu. Selain melakukan arahan konservasi secara fisik,
perlu dilakukan juga arahan konservasi kepada masyarakat lokal sebagai penduduk
dengan cara penggalakan penanaman bambu untuk menciptakan industri kreatif
berbahan dasar bambu yang dipasarkan dengan memanfaatkan teknologi digital.
2021-01-19T00:00:00ZKarakterisasi Anopheles SP. Berbasis Dna Barcoding Dalam Penentuan Kompetensi Vektor Untuk Pengendalian Malaria
https://repository.unej.ac.id/xmlui/handle/123456789/109759
Karakterisasi Anopheles SP. Berbasis Dna Barcoding Dalam Penentuan Kompetensi Vektor Untuk Pengendalian Malaria
HASANAH, Lailly Nur Uswatul
Malaria is an infectious disease caused by Plasmodium which is transmitted
by female Anopheles mosquitoes. Anopheles is a genus of mosquitoes with a very
high species diversity. Since the discovery of cryptic species in several groups of
Anopheles, identification by using morphological characters solely is not sufficient.
Many errors in morphological identification and vector determination have
implications for the effectiveness of controlling and eradicating malaria cases in
endemic areas.
DNA barcoding is a molecular-based identification technique that uses
DNA sequences belonging to an organism so that it can distinguish between
species. This technique is not only effective but also efficient for detecting
Anopheles diversity in endemic areas. The purpose of this study was to determine
the diversity of Anopheles sp. from different geographical areas, namely Bangsring
village Banyuwangi and Hargowilis village Kulon Progo, as well as analyzing
molecular characteristics based on internal transcribed spacer 2 (ITS2) and
cytochrome c oxidase subunit 1 (COX1) sequences. This study was also analyzed
the relationship between Anopheles sp. sample obtained and its implications for
vector competence.
Sampling of Anopheles mosquitoes was carried out in these two areas, then
the samples obtained were continued with morphological characterization. The next
step was to carry out molecular characterization by isolating the morphologically
characterized mosquito genomic DNA, then the ITS2 and COX1 sequences of each
species were amplified using PCR technique. The results of the amplification of the
two sequences were sent to 1stBase Singapore for sequencing and a sequence
chromatogram was generated. Chromatograms of the ITS2 and COX1 sequences
were then analyzed and a phylogenetic tree was constructed as a basis for
identification and to determine relationships between species.
215 female Anopheles were collected, consisting of 169 from Bangsring,
Banyuwangi and 46 from Hargowilis, Kulon Progo. Morphologically, specimens
from Bangsring, Banyuwangi were identified into five species, namely An. vagus,
An. sundaicus, An. subpictus, An. aconitus and An. barbirostris. Meanwhile,
specimens from Hargowilis, Kulon Progo were identified into six species, namely
An. vagus, An. barbirostris, An. maculatus, An. aconitus, An. minimum, and An.
annularis.
DIGITAL REPOSITORY UNIVERSITAS JEMBER
DIGITAL REPOSITORY UNIVERSITAS JEMBER
xii
The ITS2 and COX1 sequences of five species found in Bangsring showed
a conformity of identity with morphological characters. Unlike the species found in
Hargowilis, Kulon Progo, only four species showed an identity that matched to the
morphological identification results, namely An. vagus, An. barbirostris, An.
maculatus and An. annularis while the remaining two are An. aconitus and An.
minimus, has homologous ITS2 and COX1 sequences. BLAST results show that
both were An. flavirostris. Differences in morphological and molecular
identification results have implications for vectorial capacity. This is because An.
minimus and An. aconitus is a secondary vector, while An. flavirostris is the primary
vector.
The phylogenetic tree analysis resulted in three series, namely
Pyretophorus, Neocellia and Myzomyia. Species that were closely related (one
series) placed in the clades that are close to each other. Clade of An. vagus was
close to the clade of species complex An. sundaicus, clade of An. annularis was
close to clade of An. maculatus, clade of An. minimus (An. flavirostris) with An.
aconitus. COX1 sequence had a smaller genetic distance than ITS2, it had
implications for the topology of the COX1 sequence phylogenetic tree. The clades
in the COX1 phylogenetic tree were supported by bootstrap values of 99%, except
for clade An. maculatus and An. minimus (later referred to as An. flavirostris).
This study proves the possibility of a discrepancy between the
morphological and molecular characterizations. This has implications for
determining the capacity of the vector, namely the possibility of changing the status
of a secondary vector to a primary vector. Changes in vector status have
implications for vector control and the spread of malaria in the area.
Finalisasi unggah mandiri file repositori_05 Oktober 2022_Kurnadi
2022-07-13T00:00:00Z